Gaussian中关于计算叶绿素这样带电分子的输入文件的疑问

查看数: 2709 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-5-18 19:44

各位老师好，在优化叶绿素a结构的时候出了一些困难。https://doi.org/10.1080/00387010.2013.78103文章中作者从3ARC和2X20里面去掉其他结构，只保留叶绿素。然后放在Gaussian中计算。我也跟着尝试了一下，但是发现计 ...

回复 Reply

mengyuancui 发表于 Post on 2025-7-11 19:08:26

请问对叶绿素a结构优化您选择的是什么方法呀？

shuihua 发表于 Post on 2022-5-25 01:03:20

wzkchem5 发表于 2022-5-24 23:55
结构不合理，（1）有的甲基不是四面体结构，（2）卟啉环上多了两个氢。另外电荷也设错了，虽然Mg带+2电荷 ...

谢谢您这么晚还回复我的帖子！我马上看看！

wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-24 23:55:21

shuihua 发表于 2022-5-24 13:41
您好，想向您请教一个问题。整个计算过程没有报错，但是计算结果明显有点问题。。。关键词# td=(nstates= ...

结构不合理，（1）有的甲基不是四面体结构，（2）卟啉环上多了两个氢。另外电荷也设错了，虽然Mg带+2电荷，但是配体带-2电荷，这个只要画共振式就能看出来。
必须先优化结构，且确认没有虚频，才能做TDDFT计算。不能不经优化就做TDDFT计算。

shuihua 发表于 Post on 2022-5-18 20:47:03

wzkchem5 发表于 2022-5-18 20:21
提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具 ...

我马上看一下！忘记这个规矩了

wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-18 20:21:59

提问的常识：但凡说程序报错，必须给出完整的报错输出。报错未必是结构不合理导致的，必须给出输出文件里具体的报错信息，我们才能判断如何解决报错

shuihua 发表于 Post on 2022-5-18 19:57:55

Gaussian计算时是不考虑原子间的化学键的，因此镁离子是否与卟啉环中间的N成键是没有任何影响的吧。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register