HZW 发表于 2022-5-24 10:57 请问你解决了DNA链分开的情况吗？能不能分享一下是怎么解决的 |
HZW 发表于 2022-5-24 10:57 我模拟DNA遇到一模一样的问题，请问你是怎么解决的？ |
sobereva 发表于 2022-5-19 21:54 前天试过了，用-pbc mol处理后的轨迹虽然没有完整的双链结构，但是单条链是完整的，然后用-pbc nojump处理后的轨迹则直接由于PBC切割而断成了几截了。算了，我去gromacs forum上问下，谢谢卢老师的建议。 |
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本帖最后由 HZW 于 2022-5-24 12:47 编辑 唉，在MD运行中加了对核酸组的移除质心的平动和转动，在模拟的100ns以内没出现两条链分开的情况，但是100ns以后的轨迹就又是上述情况。 comm-mode = Angular comm-grps = DNA 看来只能通过增大水盒子的方式去解决问题了 |
波波波 发表于 2022-5-20 11:27 双链DNA的链质量差不多，如果一个在盒子这边一个在那边质心也在中间，所以要先移动到一起再center |
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我最近发现-center选项没用，选择的组没有被移动到盒子中心，用的是2020.7版本，是不是bug呢？ |
HZW 发表于 2022-5-19 22:02 通常是 |
Puying 发表于 2022-5-19 18:47 好的，谢谢 |
sobereva 发表于 2022-5-19 21:54 好的，谢谢卢老师，是不是我后面跑双链核酸，在MD参数中使用comm-mode = angular对核酸分子的group消除平动和转动，后续轨迹就不会出现这样呢。 |
| 先-pbc mol搞一次，再-pbc nojump搞一次。如果此时DNA运动已经连续了而且保持完整了，VMD里对DNA相对于第一帧做个align，就一直在中央了 |
HZW 发表于 2022-5-19 18:20 实在不行就用vmd里面的pbc 显示多个就好了~~~ |
Frozen-Penguin 发表于 2022-5-19 17:13 我昨晚就把trjconv -pbc mol ; -pbc atom ; -pbc whole ; -pbc nojump等所有都试了，没用，依旧不能完全消除PBC；然后今天试了论坛搜到的卢老师的回帖，然后又试了网上的VMD处理：pbc wrap -compound res -all， pbc box 都没用。 对了还有楼上说的用-trans, 这个试错法 |
| 可以试试用trjconv -pbc nojump |
HZW 发表于 2022-5-19 13:00 我没有用过这个命令，不过你可以试试。比如你给的这个图，向上平移是x方向，平移2nm，那就是2 0 0，以此类推 我不确定，你试一下~~ |
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