计算纯水体系下的氢键数，结果不符合实际

查看数: 3587 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-5-19 19:36

本帖最后由 airbang 于 2022-5-19 19:36 编辑老师您好，我按照您计算不同z位置水能氢键数的程序，建立了一个纯体相水（5nm*5nm*5nm）的体系，用NAMD进行了模拟5000步模型图、运行文件和参数文件都放 ...

回复 Reply

airbang 发表于 Post on 2022-5-19 22:52:01

sobereva 发表于 2022-5-19 22:10
注意VMD里氢键键角的定义和习俗不同，一般说的30度氢键键角判据对应VMD的氢键键角判据大约43度

另外，VM ...

好的谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-5-19 22:10:48

注意VMD里氢键键角的定义和习俗不同，一般说的30度氢键键角判据对应VMD的氢键键角判据大约43度

另外，VMD里氢键计算命令没法考虑周期边界条件，会一定程度低估氢键数

参与人数 Participants 1	eV +3	收起理由 Reason
thou	+ 3	谢谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register