求助：gromacs在模拟2ns后出现关于电荷组的报错

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发布时间: 2022-5-20 18:55

我想要模拟将H原子的体积变大后，体系的变化。在top文件中修改一个H原子的LJ势参数后，出现如下报错，请问该怎么办。

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1900 发表于 Post on 2022-5-21 09:31:51

sobereva 发表于 2022-5-21 03:57
先不并行跑，如果不并行也不行，说明当前参数或者设置太离谱。确保已经做了能量极小化，看极小化之后结构是 ...

好的，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-5-21 03:57:24

先不并行跑，如果不并行也不行，说明当前参数或者设置太离谱。确保已经做了能量极小化，看极小化之后结构是否正常，并且确保mdp里的参数比较保守，比如步长用得较小、没直接在较高温度下初始化速度等。
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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