yjb 发表于 2022-5-22 20:59
我是跑一个protein体系，里面有金属，把配体小分子和Fe还有附近残基设为QM，跑一个长时间的QM/MM MD。用D ...

起码用DFT验证一下，比如跑一段轨迹，对其中一些帧用DFT和GFN-xTB算相对能量，以及不同自旋态的能量差，看吻合程度等

冰释之川 发表于 2022-5-22 15:01
算过渡金属配合物体系，能不用GFN-xTB，尽量别用，用DFT多香……

我是跑一个protein体系，里面有金属，把配体小分子和Fe还有附近残基设为QM，跑一个长时间的QM/MM MD。用DFT跑不了那么长时间啊。

算过渡金属配合物体系，能不用GFN-xTB，尽量别用，用DFT多香……

sobereva 发表于 2022-5-22 00:48
不能。
而且本来从统计误差来看，GFN2-xTB比GFN1-xTB也没明显优势

老师，我的体系是Fe+配体小分子和附近残基，我看了Grimme关于XTB的文章，他里面说到‘It should, however, be clear that this treatment provides bad and even qualitatively incorrect energetic splittings for states of different multiplicity, that is, GFNn-xTB Hamiltonians will always favor low-spin configurations.’ 对于高自旋可能会不好，学生想用DFTB再尝试算一下，但是苦于cp2k好像对于DFTB里面对于Fe的参数好像缺失，不知道用DFTB会不会好一些。

yjb 发表于 2022-5-21 11:19
老师能否让cp2k和xTB程序连起来让cp2k可以用GFN2-xTB。

不能。
而且本来从统计误差来看，GFN2-xTB比GFN1-xTB也没明显优势

sobereva 发表于 2022-5-21 03:57
不支持GFN2-XTB

老师能否让cp2k和xTB程序连起来让cp2k可以用GFN2-xTB。

sobereva 发表于 2022-5-21 03:57
不支持GFN2-XTB

非常感谢老师！

yjb 发表于 2022-5-20 22:50
知道原因了。

1）Gaussian+xtb 里面用的是GFN2-xTB的level，我自己在从IRC取点之后用的是GFN1-xTB算的， ...

不支持GFN2-XTB

知道原因了。

1）Gaussian+xtb 里面用的是GFN2-xTB的level，我自己在从IRC取点之后用的是GFN1-xTB算的，之后用cp2k去算Energy，是用Multiwfn生成的inp文件，算出来的能量和用xtb的GFN1-xTB下的能量一直。这里有有个疑问，cp2k里面的xTB方法能不能达到GFN2-Xtb呢？还是默认的GFN1-XTB。