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想再来麻烦sob社长几个问题【高斯优化MOF5+VMD作图】

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发布时间: 2022-5-21 13:14

正文摘要:

Sob社长好,我按照您的文章(DOI: 10.1039/d1cp02805g)将MOF-5进行加氢处理(输入文件在附件中)。我参照SCF不收敛的帖子(http://sobereva.com/61)用高斯优化了几次,一直不收敛。这几次优化过程中的设置参数如下: ...

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sysu_chem 发表于 Post on 2022-5-25 16:46:12
sobereva 发表于 2022-5-25 04:19
另注意看http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

谢谢社长耐心解答,感激之情无法言表
sobereva 发表于 Post on 2022-5-25 04:19:46
sysu_chem 发表于 2022-5-24 16:53
Sob社长好,我想再打扰您一下。我按照您的提示重新对MOF5的原子设定了基组和方法(即PBE0/6-31G*(Zn用SDD ...

另注意看http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html
sysu_chem 发表于 Post on 2022-5-24 17:12:02
乐平 发表于 2022-5-24 17:05
PBE0 是文献里的名称

在 Gaussian 里应该写成 PBE1PBE (中间是数字 1 ,不是字母)

嗯嗯好,谢谢老师,记住了
乐平 发表于 Post on 2022-5-24 17:05:52
sysu_chem 发表于 2022-5-24 10:53
Sob社长好,我想再打扰您一下。我按照您的提示重新对MOF5的原子设定了基组和方法(即PBE0/6-31G*(Zn用SDD ...

PBE0 是文献里的名称

在 Gaussian 里应该写成 PBE1PBE (中间是数字 1 ,不是字母)
sysu_chem 发表于 Post on 2022-5-24 16:31:18
ChemG 发表于 2022-5-24 11:02
0 1就是对的,因为Zn的d轨道是全充满的状态。建议你优化的时候把周围的甲基都固定住,看到你都是用乙酸封 ...

嗯嗯好的,谢谢老师。我也再试试您的建议,非常感谢
ChemG 发表于 Post on 2022-5-24 11:02:23
sysu_chem 发表于 2022-5-24 10:01
Sob老师好,有个问题忘记问您了。请问自旋多重度我设置的是0和1,请问这个影响大吗?我看了您写的帖子, ...

0 1就是对的,因为Zn的d轨道是全充满的状态。建议你优化的时候把周围的甲基都固定住,看到你都是用乙酸封端的,而且是模拟周期性的结构。说实话你这个结构的原子有点多,三四百了,优化起来着实有点儿费劲儿
sysu_chem 发表于 Post on 2022-5-24 10:01:21
sobereva 发表于 2022-5-22 01:32
没事甭带弥散函数,自找麻烦

试那些没极化函数的基组根本毫无意义,纯粹白浪费时间

Sob老师好,有个问题忘记问您了。请问自旋多重度我设置的是0和1,请问这个影响大吗?我看了您写的帖子,但鉴于基础知识不足,所以自旋多重度的选择不知道如何选择为好。
sysu_chem 发表于 Post on 2022-5-22 16:10:08
sobereva 发表于 2022-5-22 01:32
没事甭带弥散函数,自找麻烦

试那些没极化函数的基组根本毫无意义,纯粹白浪费时间

非常感谢社长耐心指导,我再试试哈,感谢感谢。
sobereva 发表于 Post on 2022-5-22 01:32:37
没事甭带弥散函数,自找麻烦

试那些没极化函数的基组根本毫无意义,纯粹白浪费时间

仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

这真是教科书级的乱用弥散函数的反面例子

PBE0/6-31G*(Zn用SDD)优化,SCF不收敛该怎么解决怎么解决,别随便换基组


仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

这个体系画Hirshfeld surface图没多大意义。黑色要么是操作问题,要么是VMD有问题(PS:拒绝使用VMD 1.9.4非正式版)

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