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如何统计蛋白质的某一段更喜欢运动到在哪一边

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发布时间: 2022-5-23 17:07

正文摘要:

本帖最后由 azero 于 2022-5-23 17:10 编辑 现在有一个蛋白进行了MD,红色loop会运动 想统计红色的loop是喜欢呆在A侧还是B侧 用VMD的Trajectory 和Sob老师的运动轨迹脚本效果似乎都不好 尝试过找一参考点统计 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-5-24 03:00:28
问题表达必须准确
“VMD的Trajectory”是什么、“Sob老师的运动轨迹脚本”又是什么
最简单的做法,对蛋白质其它部分(不包含红色区域)的骨架原子做align,然后多帧叠加显示,看在两侧的分布密度

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