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gromacs中做径向分布函数时候怎么生成索引文件

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小柏桐

发布时间: 2022-5-23 20:56

正文摘要:

体系里边有钙离子和硫酸根离子还有水，想分析钙离子和硫酸根中的硫的径向分布函数按教程走的，但是索引编辑器一直出不来，不知道怎么给离子分组。图一是作业出错提示，图二是提交命令，图三是ndx脚本

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小柏桐 发表于 Post on 2022-5-24 09:02:31

谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-5-24 03:18:01

make_ndx是交互式程序，根本不应当以提交方式运行
直接运行gmx make_ndx，手动敲命令
诸如此类根本没有计算耗时的任务直接在本机运行就完了

如果当前机子是Windows而且还没装gmx，直接用下文提供的现成的
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

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