chands 发表于 2022-6-2 11:17 ok感谢 |
本帖最后由 chands 于 2022-6-2 11:46 编辑 付之一生 发表于 2022-6-2 11:07 有可能体系太小(溶剂分子不够多),导致Zn2+有时跑到团簇的边上,半裸露在外,统计上配位数就少了。如果用第一性原理软件(如CP2K)模拟,搞一个足够大的溶剂盒子,加Zn2+和抗衡离子,做RDF,应该能给出配位数。 我记得Zn2+和水、甲醇都是六配位的,可以查相关文献,不用这么麻烦去算,如果算Zn2+和其他溶剂的配位,原理一样,方法类似。 |
付之一生 发表于 2022-6-1 18:29 完全可以。标准方法之一,坛子上也有不少相关帖子。 |
chands 发表于 2022-5-30 19:23 我明白了,那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢 |
付之一生 发表于 2022-5-30 12:18 我的意思是,假如稳定状态是90% 7配位,10% 6配位,你恰好在Zn是6配位的时候把计算停了,那就会得出错误的结论。Zn的配位数未必是一成不变的,可能是多种可能的配位数之间的平衡,这种情况下应该取概率最大的那种配位数。 |
付之一生 发表于 2022-5-30 19:18 王老师的意思是做一个统计,比如画个直方图之类,这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。 |
wzkchem5 发表于 2022-5-30 17:22 那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态,分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗 |
付之一生 发表于 2022-5-30 10:19 不能只看最后一帧,应该找很多代表性的帧(比如至少10帧,建议等间隔取),如果都是6配位,那才可以证明是6配位。否则只能证明6配位存在,不能证明它是主要的配位方式 |
wzkchem5 发表于 2022-5-29 00:37 ok,大致明白了,感谢老师! |
付之一生 发表于 2022-5-28 16:07 可以,如果不想手动摆初始结构,可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构 |
wzkchem5 发表于 2022-5-28 22:12 那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗,还是说只能锌周围建模比如说10个溶质分子然后去跑md |
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