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请教一下锌和甲醇配位问题

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发布时间: 2022-5-25 16:54

正文摘要:

采用b3lyp def2svp结构优化和能量计算,优化到五配位的时候,结合自由能大于四配位,但是Zn-O键在gauss view已经消失了,我是不是可以认为四配位是一个较为稳定的状态,还是说要接着增加配位分子继续优化?

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付之一生 发表于 Post on 2022-6-2 15:55:41
chands 发表于 2022-6-2 11:17
有可能体系太小(溶剂分子不够多),导致Zn2+有时跑到团簇的边上,半裸露在外,统计上配位数就少了。如果 ...

ok感谢
chands 发表于 Post on 2022-6-2 11:17:44
本帖最后由 chands 于 2022-6-2 11:46 编辑
付之一生 发表于 2022-6-2 11:07
但是我这个做出来的rdf感觉没什么规律,是我模拟的时间太少了吗

有可能体系太小(溶剂分子不够多),导致Zn2+有时跑到团簇的边上,半裸露在外,统计上配位数就少了。如果用第一性原理软件(如CP2K)模拟,搞一个足够大的溶剂盒子,加Zn2+和抗衡离子,做RDF,应该能给出配位数。
我记得Zn2+和水、甲醇都是六配位的,可以查相关文献,不用这么麻烦去算,如果算Zn2+和其他溶剂的配位,原理一样,方法类似。
chands 发表于 Post on 2022-6-1 21:30:28
付之一生 发表于 2022-6-1 18:29
我明白了,那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢

完全可以。标准方法之一,坛子上也有不少相关帖子。
付之一生 发表于 Post on 2022-6-1 18:29:02
chands 发表于 2022-5-30 19:23
王老师的意思是做一个统计,比如画个直方图之类,这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。

我明白了,那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢
wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-30 20:35:28
付之一生 发表于 2022-5-30 12:18
那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态,分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

我的意思是,假如稳定状态是90% 7配位,10% 6配位,你恰好在Zn是6配位的时候把计算停了,那就会得出错误的结论。Zn的配位数未必是一成不变的,可能是多种可能的配位数之间的平衡,这种情况下应该取概率最大的那种配位数。
chands 发表于 Post on 2022-5-30 19:23:20
付之一生 发表于 2022-5-30 19:18
那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态,分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

王老师的意思是做一个统计,比如画个直方图之类,这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。
付之一生 发表于 Post on 2022-5-30 19:18:23
wzkchem5 发表于 2022-5-30 17:22
不能只看最后一帧,应该找很多代表性的帧(比如至少10帧,建议等间隔取),如果都是6配位,那才可以证明 ...

那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态,分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗
wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-30 17:22:41
付之一生 发表于 2022-5-30 10:19
老师您好,我现在创建一个锌离子和20个甲醇的模型进行动力学模拟后,动力学轨迹最后一帧显示的还是六配位 ...

不能只看最后一帧,应该找很多代表性的帧(比如至少10帧,建议等间隔取),如果都是6配位,那才可以证明是6配位。否则只能证明6配位存在,不能证明它是主要的配位方式
付之一生 发表于 Post on 2022-5-29 01:06:15
wzkchem5 发表于 2022-5-29 00:37
可以,如果不想手动摆初始结构,可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

ok,大致明白了,感谢老师!
wzkchem5 发表于 Post on 2022-5-29 00:37:28
付之一生 发表于 2022-5-28 16:07
那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗,还是说只能锌周围建模比如 ...

可以,如果不想手动摆初始结构,可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构
付之一生 发表于 Post on 2022-5-28 23:07:18
wzkchem5 发表于 2022-5-28 22:12
图没有贴上来
这个还是取决于你想算什么结合能,如果只要结合了就算,哪怕有的甲醇分子和Zn2+不挨着,完 ...

那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗,还是说只能锌周围建模比如说10个溶质分子然后去跑md

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