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已解决:md模拟时崩溃和eq柔性水定义问题?

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发布时间: 2022-5-26 09:00

正文摘要:

本帖最后由 wyfgg 于 2022-5-31 16:21 编辑 问题1: 各位老师好,我在做一个混合胶束体系的MD,昨天完成em和eq之后,运行2ns的MD时报错;今天缩短运行为0.5ns后,发现MD未崩溃,且正常结束。 这种情况好像在论 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-5-26 20:51:17
1 没细节没法说,都没说清楚2ns和0.5ns的模拟有什么区别。如果仅是模拟步数的区别,达到相同时间点之前崩溃而当前没崩溃纯属巧合。没有前提下,“短时间预运行之后再正式运行”完全没法令人知道是在干嘛。注意组织语言、表述清楚。

注意看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

2 Gaussian没法直接计算RESP2(0.5),按下文借助Multiwfn才能计算
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html

那叫include不叫incloud

若无特殊原因,动力学过程甭用柔性水

并且仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

此体系没必要做胶束的限制性动力学

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