计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gromacs建模，在相界面处出现分子消失的情况求助

gromacs建模，在相界面处出现分子消失的情况求助

查看数: 3486 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

sj12138

发布时间: 2022-5-26 11:41

正文摘要:

使用gromacs建立界面模型，但是最后总会在相界面处出现分子消失的情况，希望大佬们指点。使用命令为 gmx_mpi_d insert-molecules -ci H-c.pdb -nmol 540 -box 4.1258 2.382 1.9788 -o H-540.pdb gmx_mpi_d ins ...

回复 Reply

sj12138 发表于 Post on 2022-5-29 10:25:11

sobereva 发表于 2022-5-28 02:06
搞清楚gmx insert-molecules的运行原理自然就明白了，是-cs后头的体系往-cp后头的体系的空白处插入，-cp ...

懂了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-5-28 02:06:22

sj12138 发表于 2022-5-27 10:59
老师，-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c这种方法改好了，但是我想问一下为什么 ...

搞清楚gmx insert-molecules的运行原理自然就明白了，是-cs后头的体系往-cp后头的体系的空白处插入，-cp后面体系的原子肯定在原地方不动，-cs后面体系往-cp体系的空白处尽可能填充。

sj12138 发表于 Post on 2022-5-27 10:59:25

sobereva 发表于 2022-5-26 20:44
-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c。如果结构异常，调整H-540-M-8-H2O-1200-c里的 ...

老师，-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c这种方法改好了，但是我想问一下为什么换一下位置就不会出现这种错误了吗？感谢老师指导

sobereva 发表于 Post on 2022-5-26 20:44:52

-cp后面接上Me-SH-zj-333-c，-cs后面接H-540-M-8-H2O-1200-c。如果结构异常，调整H-540-M-8-H2O-1200-c里的盒子信息使之没有真空区。

mwx 发表于 Post on 2022-5-26 19:44:36

应该是放不下那么多溶剂导致的，试试适当扩大盒子。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register