q11pet28abl21 发表于 2022-7-15 20:23
问题已解决，附上解决方法，希望能帮到遇到同样问题的人。
1.使用vmd观察gro文件状态，如果发现是水分子呈 ...

请问你降低步长用的多大的步长？

谢谢分享经验！

问题已解决，附上解决方法，希望能帮到遇到同样问题的人。
1.使用vmd观察gro文件状态，如果发现是水分子呈方块状排列，体系不致密，那下面的方法应该可解决你的问题。
2.降低步长跑1-10ns 到体系致密。
3.能量最小化（跳过此步，后续的md也可顺利进行，但我习惯加上这一步，如有问题，敬请指正）。
4.使用原有步长即可顺利进行MD。

Acee 发表于 2022-5-29 14:57
这种很明显就是初始的粗粒度参数没设置好，我建议你先把体系的分子一个一个拿到水里跑一下，看看会不会报 ...

收到，我去试试 感谢老师建议

q11pet28abl21 发表于 2022-5-28 09:08
感谢回复，老师在做MD这步时报错是这样的。在使用grompp生成tpr文件时，没有warnning，有一个note。截图 ...

这种很明显就是初始的粗粒度参数没设置好，我建议你先把体系的分子一个一个拿到水里跑一下，看看会不会报错。有问题的就调整力常数的大小或者根据全原子的结果重新拟合键参数

k64_cc 发表于 2022-5-28 10:13
看他们的tutorial，用reaction-field，别用PME，参数和cutoff严格和他们示例文件中一致，最好整个mdp都是 ...

好的，感谢老师解答

q11pet28abl21 发表于 2022-5-28 09:06
感谢老师回复，我的md.mdp文件设置如下，请问哪里需要修改？
dt               =  0.01
nsteps         ...

看他们的tutorial，用reaction-field，别用PME，参数和cutoff严格和他们示例文件中一致，最好整个mdp都是从他们示例里复制的，除了输出设置之外一点都别改。这个设置对势函数的截断影响很大，改了之后就不能保证正确性了。
http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5

k64_cc 发表于 2022-5-27 11:40
不要调cutoff，调了之后体系的势函数就错了，MARTINI的势函数受cutoff直接影响。建议考虑多肽建模的时候是 ...

感谢老师回复，我的md.mdp文件设置如下，请问哪里需要修改？
dt               =  0.01
nsteps           =  5000000 ; 2us
comm-grps        =  system
nstxout          =  0
nstvout          =  0
nstlog           =  10000
nstxout-compressed        =  1000
compressed-x-precision    =  10
rlist            =  1.4
coulombtype      =  PME
rcoulomb         =  1
epsilon_r        =  15
vdw-type         =  cut-off
fourierspacing   = 0.24
rvdw-switch      =  0.9
rvdw             =  1
tcoupl           =  v-rescale
tc-grps          =  system
tau-t            =  1.0
ref-t            =  303
Pcoupl           =  parrinello-rahman
Pcoupltype       =  isotropic
tau-p            =  12.0
compressibility  =  3e-4
ref-p            =  1.0
refcoord_scaling =  all

不要调cutoff，调了之后体系的势函数就错了，MARTINI的势函数受cutoff直接影响。建议考虑多肽建模的时候是不是出了问题，摆了不科学的构象。CG模型在共轭平面之外的情况并不应当用constraint，你mdp怎么写的？

你这么截图，谁知你的warning是什么。你这种我估计是初始topol的键长键角没设置好，导致跑的时候，出现异常值，然后报错