七尺贱 发表于 2024-3-26 09:17
请问楼主只有两个CV才能画这种图吗，一个CV可以吗，另外origin里面这种图叫什么？

是的

yjb 发表于 2023-4-19 13:32
参考sob老师的编译方法http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html，正确编译成功的话是不应该出现这 ...

请问楼主只有两个CV才能画这种图吗，一个CV可以吗，另外origin里面这种图叫什么？

coookies 发表于 2023-4-19 13:16
谢谢！我原本用ubuntu自带的sudo apt install指令下了cp2k，但是现在又重新编译了一遍还是找不到graph指 ...

参考sob老师的编译方法http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html，正确编译成功的话是不应该出现这个问题的。

yjb 发表于 2023-4-18 22:23
正常如果编译好cp2k就是有graph的，graph.psmp和graph.ssmp都可以用。

谢谢！我原本用ubuntu自带的sudo apt install指令下了cp2k，但是现在又重新编译了一遍还是找不到graph指令，不知道问题出在哪里了

coookies 发表于 2023-4-18 16:57
请问楼主graph命令是怎么看出是什么后缀的呢？还有如何单独编译graph，指令应该是什么呢？困惑了很久，希望 ...

正常如果编译好cp2k就是有graph的，graph.psmp和graph.ssmp都可以用。

请问楼主graph命令是怎么看出是什么后缀的呢？还有如何单独编译graph，指令应该是什么呢？困惑了很久，希望能得到解答，谢谢！

丁越 发表于 2022-6-1 10:01
graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 -file METADYN-1_10000.restart -find-minima -cp2k 可以定位势能面的所有局 ...

如果按照这个命令，定位势能面所有局部极小点，我该如何判断这些极小点是哪些结构呢？

graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 -file METADYN-1_10000.restart -find-minima -cp2k 可以定位势能面的所有局部极小点
对于问题2，你后处理得到的极小点CV的值不会和原始-COLVAR.metadynlog中的CV值有对应，因为这个是将CV分布划分成网格点然后求每个格点的CV概率密度，所以你的1000.dat横纵坐标输出的是网格点的值。