求助：IFF力场配置适用于三乙醇胺吗？

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发布时间: 2022-6-1 11:39

IFF力场配置适用于三乙醇胺吗？我想模拟水结冰，把硅酸钙排挤出，然后加入三乙醇胺对比影响，用MS在pcff力场下建盒子，输出.car和.mdf，用interfaceff2gro.py文件转化出itp、gro和top文件。一直出现各种错误，改了.p ...

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ydyd 发表于 Post on 2022-6-3 12:24:45

tjuptz 发表于 2022-6-1 23:20
有机小分子用cgenff

谢谢，我先查一下cgenff力场。

tjuptz 发表于 Post on 2022-6-1 23:20:58

ydyd 发表于 2022-6-1 14:34
谢谢，MS上没有CHARMM力场啊。我是按照模拟之家公众号上操作进行的，上面选的是pcff或cvff，我把car文件 ...

有机小分子用cgenff

ydyd 发表于 Post on 2022-6-1 14:34:55

Entropy.S.I 发表于 2022-6-1 12:19
interfaceff2gro.py仅适用于CHARMM力场，且原子类型必须被一同提供的prm文件包含。你的需求可能满足不了。 ...

谢谢，MS上没有CHARMM力场啊。我是按照模拟之家上操作进行的，上面选的是pcff或cvff，我把car文件的原子类型改成了prm上对应的，也是一直报错。

Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-6-1 12:19:59

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-6-1 12:21 编辑

interfaceff2gro.py仅适用于CHARMM力场，且原子类型必须被一同提供的prm文件包含。你的需求可能满足不了。可以试试在MS中基于CHARMM-IFF力场建模

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