tinglu 发表于 2023-4-3 11:24 请问你解决了吗 |
sugar123 发表于 2022-9-15 09:52 楼主请问一下这个后面的归一化是怎么画出来的呀，我也设置了格子也用了PBC但是还是最后趋向为0了 |
| 这个很基础应该不用放文章里说吧。要是审稿人问起来，回复意见里说就好了 |
赵小壮 发表于 2022-10-20 16:10 非常感谢您的解答，可是这样的话是不是就不可以放在文章里进行解释了呀，这种情况下该如何对这个进行解释那 |
sugar123 发表于 2022-10-18 20:25 不是，是距离中心原子远的地方，壳层数密度应该趋近于平均数密度，RDF是二者的比值，应该趋近于1，无穷远的时候都是1。可是为什么比1还小了呢，是因为通常软件计算的时候都是只计算一个晶格内的，你注意这几个距离，当球的半径是a/2(a是边长)的时候，是不是晶格还能完整地包裹整个球，当球的半径超过是不是就不能包含整个球了，按照周期性平移，球和晶格不相交的地方有没有粒子，有吧，但软件算没算，没算，所以出现比1还小，到无穷远的时候，你说周期性体系里无穷远处有没有粒子，有吧，软件算没算，没算。 |
赵小壮 发表于 2022-9-18 15:19 太感谢您啦 也就是说 其实当粒子发生团聚得时候在 距离中心离子超过一定得距离得时候 他的数目很少所以导致径向分布函数越来越小 是这样嘛 |
本帖最后由 赵小壮 于 2022-9-18 15:20 编辑 sugar123 发表于 2022-9-15 09:52 这是正确的。RDF是这样的，数夹层r - r+dr内的粒子数目，然后除以夹层体积。例如你计算方盒子体心的RDF时候，当r<=a的时候整个球还是整的，而当超过这个值的时候，体积就不是壳层体积了，而是壳层也方盒子的重叠体积（之前也是重叠体积，但是方盒子完全包含壳层。例如，当统计\sqrt{3}a -dr 到\sqrt{3}a 这个壳层时候，你想想这个重叠体积多小，只有立方体的八个角尖尖的那一点里边的粒子数，而除以的体积确实整个4\pi (\sqrt{3}a)^2dr这个壳层体积。看来VMD里没解决这个问题，这个问题的解决需要你考虑全相邻盒子的粒子的镜像，或者直接计算我说的那个重叠部分的体积，但这个体积的积分比较繁琐。（有什么不懂的可以接着问我） |
sobereva 发表于 2022-9-15 02:46 老师 就是我是研究的 粒子的一个团聚情况 然后想通过RDF去表征这个情况 就是计算同种粒子的RDF 我发现 如果粒子在盒子中分散均匀的时候 他的径向分布函数就是趋近于1的 但是假如她发生了团聚 就是粒子都聚在一起的时候 他的RDF就会趋近于0 这种情况可以解释嘛 |
sugar123 发表于 2022-9-14 16:53 根据rdf定义去理解 并且画结构图时把盒子边框用pbc box显示出来，并且确保计算rdf时如实考虑了PBC |
sobereva 发表于 2022-6-3 03:58 老师 方便看一下嘛 |
王二葛 发表于 2022-6-3 12:05 您好 我尝试了一下画到100A 他是完全趋近于0 的 |
| 你这盒子边长 20 Ang，RDF 只画到 10 Ang 是不足以产生各向同性的。画到 100 Ang 甚至更远，RDF 就会趋近于 1 了 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-2-25 09:14 , Processed in 0.193652 second(s), 31 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites