计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

求助Gromacs跑蛋白-磷脂体系MD程序崩溃,调试几天无果

查看数: 4348 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2022-6-2 17:19

正文摘要:

我用charmm-gui给蛋白加的磷脂,平衡有6步,没有出错。 Gromacs跑MD程序结果: 仔细阅读了sob老师的帖子,尝试了逐步升温(50K,100K), 域分解(-ntmpi 1)等等,程序调试几天,无果。先将mdp文件 和 ...

回复 Reply

jay8310 发表于 Post on 2022-6-6 11:35:02
sobereva 发表于 2022-6-3 03:59
照着这里说的排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

我是照着这里排查的。我的蛋白质加上小分子模拟正常,加完磷脂模拟正常,然后换了一个小分子加磷脂模拟崩溃,如果从宏观上看,是新加的这个小分子的问题。你的建议是?
jay8310 发表于 Post on 2022-6-6 11:31:12
lonemen 发表于 2022-6-3 13:50
charmm-gui的模型经常会崩溃,我也经常遇到。要不重新再建模试试?

我也在想要不要重新建模?
lonemen 发表于 Post on 2022-6-3 13:50:49
本帖最后由 lonemen 于 2022-6-3 13:52 编辑

charmm-gui的模型经常会崩溃,我也经常遇到。要不重新再建模试试?
sobereva 发表于 Post on 2022-6-3 03:59:31
照着这里说的排查
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

诸如先确保蛋白质、磷脂都能单独正常模拟,再说混合的事

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 13:25 , Processed in 0.226632 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list