已解决：Gromacs延长模拟的轨迹内容问题？

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发布时间: 2022-6-4 10:14

更新：原因在于续跑的mdrun命令中未正确引用前一次的cpt文件，因此GMX视为全新的模拟，因此从头开始该选项的智能之处在于, 如果没有找到检查点文件, GROMACS就假定这是一个常规运行, 并从.tpr文件的第一步开始. ...

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wyfgg 发表于 Post on 2022-6-4 15:54:01

Entropy.S.I 发表于 2022-6-4 15:43
我的习惯是尽量不用-noappend，避免轨迹文件七零八落使归档变得麻烦

谢谢老师！

Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-6-4 15:43:14

wyfgg 发表于 2022-6-4 15:11
老师您好，我使用命令延长已完成的MDcmd输出
这个意思是代表在md3中，Gromacs会从0开始跑到40.5ns吗？
...

我的习惯是尽量不用-noappend，避免轨迹文件七零八落使归档变得麻烦

sobereva 发表于 Post on 2022-6-4 11:59:50

直接基于没跑完的任务的cpt把任务跑完，新跑出来的轨迹对应之前没跑完的部分
如果之前任务跑完了，用convert-tpr多extend出来多少，基于cpt续跑就会再得到多少时长的轨迹
不管哪种情况，续跑产生的轨迹都是新跑出来的之前没有的部分，至于是否直接在之前的轨迹文件上续写是另一码事。

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