308866814 发表于 2022-6-8 11:53
实际使用中，2020版的速度真的会比2019版有成倍的提升吗？

-update gpu可以明显提升速度，但也不会有成倍的提升。不支持四点水模型

实际使用中，2020版的速度真的会比2019版有成倍的提升吗？

大幅提升模拟速度的一个关键是将“力更新”转移到GPU上运行，需用-update gpu手动指定，因为有些情况下此功能不可用。但即使把“力更新”也转移到GPU上运行，仍然需要大量CPU-GPU通信（即NVIDIA这篇博客中所说的H2D、D2H）用于能量计算。相同的体系，mdp参数中nstcalcenergy和nstenergy的值越小，计算能量的频率越高，所需的CPU算力和CPU-GPU通信越多。当前GMX的效率瓶颈主要在此。