sobereva 发表于 2022-6-5 11:52 记住啦老师。根据您的这句话“但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇，或者简单小分子构成的比如六聚体团簇，那要产生的初始构型就得很多，起码一百个。”，那我就取150个吧。 |
ReviewReview 发表于 2022-6-5 11:50 属于，有很多可旋转的键 可旋转的键越多，构象空间越复杂，需要越多初猜来采样 |
sobereva 发表于 2022-6-5 10:08 Sober老师，光说“较大的柔性分子”有些抽象不好把控，我觉得举一个例子来问您这样可以没那么抽象可以更加形象具体，想问下老师：6个单元的聚偏二氟乙烯分子链属于较大的柔性分子概念区间吗？ |
sobereva 发表于 2022-6-5 10:08 哦哦，不好意思啊老师，看到啦。我专门摘抄出来放在这里：”对于结构比较简单的小分子构成的二聚体团簇，想获得能量最低的构型，一般产生20个初猜结构就够了。但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇，或者简单小分子构成的比如六聚体团簇，那要产生的初始构型就得很多，起码一百个。”. |
|
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html 文末专门说了 有一些用户问让genmer产生多少初猜团簇比较合适，这取决于体系大小、特征、研究目的、可接受的计算花费。如果你想得到能量最低的团簇结构，那么显然产生的初猜结构数目越多，最终能获得能量最低结构的几率就越大。对于结构比较简单的小分子构成的二聚体团簇，想获得能量最低的构型，一般产生20个初猜结构就够了。但是如果是复杂、较大的柔性分子构成的二聚体团簇，或者简单小分子构成的比如六聚体团簇，那要产生的初始构型就得很多，起码一百个。对于原子团簇，也是原子数越多，要产生的初猜数就应该越多。受限于用户的实际计算条件，考虑的初猜结构数目得量力决定。 |
sobereva 发表于 2022-6-5 06:57 那么这个自己怎么知道它们总共有多少种组合方式呢？本来有很多种组合方式我为了偷懒设置的少了不就不准确了吗？您建议我ngen和ngenmust一般设置多少呢？ |
神奇的阅读理解，后一句都不看么？ngenmust= 0 // 若>0，则ngen选项无效，genmer将无限循环不断产生构型，直到成功产生的构型达到ngenmust。此选项默认为0，代表不做这个要求 你把ngenmust设1，显然说明成功产生1个构型就自动结束了 |
| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
|
| + 4 | 233333 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2024-11-24 07:50 , Processed in 0.230294 second(s), 27 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites