小庄师弟 发表于 2022-8-18 13:16
晶胞中分子个数和空间群有关吧，晶体文件中有相关信息。具体晶胞中分子个数怎么确定我也不清楚，我用的都 ...

哦哦，我只放了一个分子

石头 发表于 2022-8-18 09:58
你这也是有机小分子，为什么晶体盒子里放了好几个分子，不应该放一个吗？

晶胞中分子个数和空间群有关吧，晶体文件中有相关信息。具体晶胞中分子个数怎么确定我也不清楚，我用的都是前人建好的晶胞。

小庄师弟 发表于 2022-8-17 15:41
那可能还是得想想别的办法。我算过体系很大的，也算过链比它长的，还是第一次出这问题。

你这也是有机小分子，为什么晶体盒子里放了好几个分子，不应该放一个吗？

石头 发表于 2022-8-17 14:39
我就是在CCDC上下载的晶体

那可能还是得想想别的办法。我算过体系很大的，也算过链比它长的，还是第一次出这问题。

小庄师弟 发表于 2022-8-17 11:43
自己建模可以试试吧。我是在CCDC上下载的晶体文件，然后直接算，加H之后感觉更不对了。

我就是在CCDC上下载的晶体

石头 发表于 2022-8-17 11:29
难道是因为我没加氢，我试试

自己建模可以试试吧。我是在CCDC上下载的晶体文件，然后直接算，加H之后感觉更不对了。

小庄师弟 发表于 2022-8-17 10:55
我之前算过一个包含9个C组成的碳链结构，优化完成后看着没问题，C链和初始结构相差不大，我想是不是和加 ...

难道是因为我没加氢，我试试

石头 发表于 2022-8-17 10:20
是的，我也在优化一个有机分子，连苯环都变形了，但是目前仍未解决，在想是不是castep不擅长这种柔性小分 ...

我之前算过一个包含9个C组成的碳链结构，优化完成后看着没问题，C链和初始结构相差不大，我想是不是和加没加H有关，我算的C链结构C上有H或者甲基，初始结构和优化完成的结构都类似锯齿状。

小庄师弟 发表于 2022-8-17 09:34
没有，调整参数，换方法都不管用。您也遇到相同的问题了吗？
回复不及时，这几天仅限LV4及以上用户发言 ...

是的，我也在优化一个有机分子，连苯环都变形了，但是目前仍未解决，在想是不是castep不擅长这种柔性小分子

石头 发表于 2022-8-14 10:38
您好！请问你的问题解决了吗

没有，调整参数，换方法都不管用。您也遇到相同的问题了吗？
回复不及时，这几天仅限LV4及以上用户发言。

您好！请问你的问题解决了吗