联用Gromacs和plumed对DNA进行模拟时，plumed文件的order parameter如何定义的问题

查看数: 2422 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-6-8 22:59

参考文献是研究DNA杂交的自由能，通过在plumed中定义一个Qinter，并对Qinter施加WTM（metafynamics)从而估计自由能。Qinter的定义如下，其中Nnb，r，lamda都是定值，Atom i是来自A链上的原子，Atom j是来自B链上 ...

回复 Reply

3157917898 发表于 Post on 2022-6-9 10:27:14

Daniel_Arndt 发表于 2022-6-9 02:59
你的这个collective variable的右半部分有点像plumed的switchingfunction里面的Q。

https://www.plumed. ...

谢谢老师，没有看过这个模块，我再去研究一下！

Daniel_Arndt 发表于 Post on 2022-6-9 02:59:49

你的这个collective variable的右半部分有点像plumed的switchingfunction里面的Q。

https://www.plumed.org/doc-v2.7/ ... tchingfunction.html

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register