对于有势垒的反应，应当先把IRC跑出来，对比一下这两个计算级别IRC的能量曲线、IRC轨迹的差异。毕竟BOMD本质上是体系在势能面上运动，势能面特征也决定了运动行为、BOMD的结果，尽管IRC仅仅提供势能面很有限的信息，但至少也能从一个侧面理解现象不同的可能原因。

另外，跑AIMD能否发生反应，和相对朝向、速度关系极大，可能你的初速度和相对位置对PM6的势能面恰好能反应，但对B3LYP那个势能面恰好不能反应，而说不定其它初始条件下B3LYP跑的轨迹也能出现反应。

18392667184 发表于 2022-6-9 12:37
就是因为pm6跑出来的可能不太准确，所以才换了计算级别。根据文献可知，CO2和CH2是能够反应的，但我尝试 ...

MD只能研究极其快的反应，比如你跑了1ps，那就只能看到那些1ps以内的就能发生的反应。即便调整初速度，也只是相当于提高了反应温度而没有延长反应时间。如果要跑1ps但是想看到1ns甚至更长时间的反应，必须用metadynamics等方法，或者找过渡态然后用Eyring方程算。
所以单是“CO2和CH2是能够反应的”还不够，搞不好虽然两者能反应，但是需要微秒甚至毫秒级的时间，而且即使高温下也如此，那样的话用MD永远也跑不出来。

wzkchem5 发表于 2022-6-9 19:24
首先一个问题，实验上已知PM6跑出来的结果才是正确的结果吗？
有可能看起来漂亮的结果反而是错的

就是因为pm6跑出来的可能不太准确，所以才换了计算级别。根据文献可知，CO2和CH2是能够反应的，但我尝试了admp和bomd都没能成功让他们反应，而这个BOMD下的pm6倒是模拟的像回事，换了方法却不能复现。

首先一个问题，实验上已知PM6跑出来的结果才是正确的结果吗？
有可能看起来漂亮的结果反而是错的