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求助，gromacs去除温度耦合后体系温度发生剧变是什么原因？

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lnz

发布时间: 2022-6-9 19:57

正文摘要:

是一个粗粒化的生物膜体系，平衡是在NVT下跑的，温度控制在370K,之后去除温度耦合，就是对于这个组，tau-t 设置为 -1 这样的设置。但是在开始模拟后温度出现一个突然的下降。如图，有大佬知道是什么原因吗？

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lnz 发表于 Post on 2022-6-10 09:36:00

sobereva 发表于 2022-6-10 07:39
交代清楚细节，这个组对应的什么部分，模拟开始怎么续跑的
并且从原理上考虑可能原因，诸如是否原本其它部 ...

组分都是磷脂，一共有三个组，平衡时所有组的温度都控制在370K,在之后，第一个组位于盒子的两边总宽度8nm，设置温度耦合，控制在320K，第二个组位于盒子中间，宽度8nm，设置温度耦合，温度控制在370K,剩余部分不控温，就是图中的组，总宽度为50nm。从模拟开始时，较高动能的部分应该是远大于较低动能的部分的，所以有些想不明白为什么这个温度会出现骤降。

sobereva 发表于 Post on 2022-6-10 07:39:57

交代清楚细节，这个组对应的什么部分，模拟开始怎么续跑的
并且从原理上考虑可能原因，诸如是否原本其它部分温度就偏低，不控温后这个组的较高动能很快传到周围低温部分导致温度下来

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