楼主你好。请问这个脚本已经考虑了质子化/去质子化了吗？如果没有应该怎么解决呢？我也是使用gromacs进行模拟。
我用楼主您的脚本生成的结构（图1），与用Gabedit生成的肽序列（N段ACE，C段NME，图2）对比，发现Gabedit生成的带有氧双键。我想文教一下楼主，这个氧双键应不应该有呢？
但Gabedit的ACE中的氧为单键氧，我比较疑惑这是正确的吗？我觉得这个氧应该是双键的。
我是材料专业的，刚接触生信，希望楼主不吝赐教。