求助，模拟时盒子和体系发生变形

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gkg

发布时间: 2022-6-13 10:28

为了使截面为六边形的冰模型有完美的周期性，我设置了这样的周期性盒子。结果用gromacs不论是跑最小化还是nvt，都会变成第二张图的情况，截面变形成矩形，盒子角度也发生了变化，图三是nvt参数设置。请问各位老师， ...

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swagger 发表于 Post on 2025-9-20 23:51:50

gkg 发表于 2022-6-14 18:42
非常感谢sob老师，已经修正好了。另外请问，gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

你好，按照上述命令我尝试了，最后使用vmd查看修正的盒子还是斜着的，还请大佬赐教

sobereva 发表于 Post on 2022-6-14 18:43:48

gkg 发表于 2022-6-14 18:42
非常感谢sob老师，已经修正好了。另外请问，gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

gkg 发表于 Post on 2022-6-14 18:42:04

sobereva 发表于 2022-6-13 15:09

非常感谢sob老师，已经修正好了。另外请问，gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

sobereva 发表于 Post on 2022-6-13 15:09:14

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