wzkchem5 发表于 2022-6-13 21:09
质子化以后做构象搜索，取搜到的构象里能量最低的。这里是假设构象转变的能垒小于后续反应的能垒，如果后 ...

好的 谢谢老师

beijudw 发表于 2022-6-13 13:50
那这样做反应质子化的时候，是取能量最低的，还是根据初始结构然后反应来？

质子化以后做构象搜索，取搜到的构象里能量最低的。这里是假设构象转变的能垒小于后续反应的能垒，如果后续反应极其快，低于构象转变的能垒的话，还要算出构象之间是怎么转变的。

wzkchem5 发表于 2022-6-13 17:45
质子化前后都取能量最低的构象，两者不需要一致。
准确来说，最严格的做法是质子化前后都把所有能量比较低 ...

那这样做反应质子化的时候，是取能量最低的，还是根据初始结构然后反应来？

质子化前后都取能量最低的构象，两者不需要一致。
准确来说，最严格的做法是质子化前后都把所有能量比较低的构象都算一遍，然后做Boltzmann平均。