agent99 发表于 2022-6-16 02:50
默认的opt没问题的话别用opt=cartesian，会让计算变慢
这么大的体系，freq我不确定能算的动，非必要的话可 ...

好的老师， 我已经将关键词改为opt b3lyp/def2SVP em=gd3，并且将所有原子都使用def2svp，并且根据体系质子化状态将分别将电荷和自旋多重度改为4和1进行优化，谢谢指点

乐平 发表于 2022-6-19 21:21
那篇文献里用的可视化软件应该就是 VMD

嗯，多谢提醒。看起来也像VMD，但是细节上感觉又比VMD好一些。

lonemen 发表于 2022-6-19 10:29
好的，谢谢指教。当时没太留意到PPT上的信息。
另外，请问您发的那篇文章里，结构的可视化，是用的什么 ...

那篇文献里用的可视化软件应该就是 VMD

sobereva 发表于 2022-6-16 10:35
1 截断位点边缘加的氢冻不冻结无所谓

2 没冻结的必要

谢谢sob老师对诸多问题的解答，期待7月培训班开班

sun877469558 发表于 2022-6-19 19:17
可能没有提及，分子可视化我也不清楚，你可以私聊天津工生所盛翔老师问一下，这个论坛他也注册的

好的，好的，多谢提醒！祝顺利！

lonemen 发表于 2022-6-19 16:29
好的，谢谢指教。当时没太留意到PPT上的信息。
另外，请问您发的那篇文章里，结构的可视化，是用的什么 ...

可能没有提及，分子可视化我也不清楚，你可以私聊天津工生所盛翔老师问一下，这个论坛他也注册的

sun877469558 发表于 2022-6-19 15:45
sob老师这篇文章有介绍，（http://sobereva.com/597），例如
residue 197 or {sidechain or name CA} an ...

好的，谢谢指教。当时没太留意到PPT上的信息。
另外，请问您发的那篇文章里，结构的可视化，是用的什么软件呢，我在文章中没发现呢？

lonemen 发表于 2022-6-18 09:20
您好！我现在也在尝试学习簇模型，请问”VMD选取了小分子附近5埃的残基侧链和alpha碳”的语句是怎么写呢？
...

sob老师这篇文章有介绍，（http://sobereva.com/597），例如
residue 197 or {sidechain or name CA} and same resid as {within 5 of residue 197}

您好！我现在也在尝试学习簇模型，请问”VMD选取了小分子附近5埃的残基侧链和alpha碳”的语句是怎么写呢？
谢谢！

1 截断位点边缘加的氢冻不冻结无所谓

2 没冻结的必要

3 除非骨架的alpha碳原子以外的原子和感兴趣的区域有不可忽视的相互作用，否则可以不留着来节约时间

4 同2L

5 很靠外的精氨酸根本没必要留着，还有很多残基都可以去掉来节约时间。这体系里又没过渡金属，不可能是高自旋

6 根本不是报错

默认的opt没问题的话别用opt=cartesian，会让计算变慢
这么大的体系，freq我不确定能算的动，非必要的话可以去掉
混合基组没必要，Ca不需要赝势，全用def2svp就行
自旋多重度是1，你的体系里没有过渡金属，也没有自由基，不会有未成对电子