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求助:关于活化能垒比较问题

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发布时间: 2022-6-16 11:05

正文摘要:

本帖最后由 beijudw 于 2022-6-23 22:51 编辑 各位老师好,我在使用gaussian计算有机胺吸收CO2以及仲胺两性离子去质子化的活化能垒,得到了不同的一系列活化能垒的比较图,比如仲胺与仲胺+CO2的去质子化之间比较 ...

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beijudw 发表于 Post on 2022-6-28 20:25:35
wzkchem5 发表于 2022-6-28 16:59
有一定的参考价值,但是位阻、色散等作用的具体大小不仅和sign(λ2)ρ的值有关,还和有多大体积的空间的s ...

好的,谢谢老师
wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-28 16:59:36
beijudw 发表于 2022-6-28 08:19
可以通过IRI分析中给出的sign(λ2)ρ(a.u.)的大小来判断吗?

有一定的参考价值,但是位阻、色散等作用的具体大小不仅和sign(λ2)ρ的值有关,还和有多大体积的空间的sign(λ2)ρ能取到这个值有关。一个分子的sign(λ2)ρ最大值很大但是等值面分布比较小,另一个分子的sign(λ2)ρ最大值小一些但是等值面分布范围比较大,很难说哪个位阻更大。
beijudw 发表于 Post on 2022-6-28 15:19:43
wzkchem5 发表于 2022-6-28 13:52
IRI应该没办法定量给出各项能量的值,只能定性看每两个基团之间的色散、位阻等等大概有多大。如果必须要 ...

可以通过IRI分析中给出的sign(λ2)ρ(a.u.)的大小来判断吗?
wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-28 13:52:44
beijudw 发表于 2022-6-27 16:04
老师,您好,对于IRI分析中,是通过对比断键,成键,还有分子间作用力的键能大小来解释能垒高低嘛?比如 ...

IRI应该没办法定量给出各项能量的值,只能定性看每两个基团之间的色散、位阻等等大概有多大。如果必须要定量比较才能说明问题的话,需要做能量分解分析
beijudw 发表于 Post on 2022-6-27 23:04:42
wzkchem5 发表于 2022-6-27 15:22
对,就是IRI、IGMH这类方法,具体什么情况适合用什么方法看http://sobereva.com/621

老师,您好,对于IRI分析中,是通过对比断键,成键,还有分子间作用力的键能大小来解释能垒高低嘛?比如断键键能更低,成键键能更高,然后还有一定的范德华吸引力,所以能垒更低这样嘛?但是如果有高有低,是不是就比较分子间键能的总和来解释能垒?
beijudw 发表于 Post on 2022-6-27 15:23:47
wzkchem5 发表于 2022-6-27 15:22
对,就是IRI、IGMH这类方法,具体什么情况适合用什么方法看http://sobereva.com/621

好的 谢谢老师
wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-27 15:22:44
beijudw 发表于 2022-6-27 08:18
位阻的话怎么看呢,色散影响就是绘制IRI图像,然后计算氢键强度吗?

对,就是IRI、IGMH这类方法,具体什么情况适合用什么方法看http://sobereva.com/621
beijudw 发表于 Post on 2022-6-27 15:18:22
wzkchem5 发表于 2022-6-27 15:13
说明可能有位阻、色散的因素影响,不一定是纯静电问题

位阻的话怎么看呢,色散影响就是绘制IRI图像,然后计算氢键强度吗?
wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-27 15:13:42
beijudw 发表于 2022-6-27 04:18
老师,您好,我在观察对应结构的静电势,发现自由能垒低的胺,反而N孤对电子方向的静电势更高了,可是按 ...

说明可能有位阻、色散的因素影响,不一定是纯静电问题
beijudw 发表于 Post on 2022-6-27 13:47:15
baisl 发表于 2022-6-27 13:35
这是在你选取的电子密度等值面上的静电势极小值,不一定是整个空间上的极小值。应当考虑静电势的全局极小 ...

但是我计算反应的位点是N的孤对电子方向,用来与H2O+CO2发生质子化反应形成AH+ + HCO3- ,不应该去看N的孤对电子附近的静电势来说明吗?
baisl 发表于 Post on 2022-6-27 13:35:05
本帖最后由 baisl 于 2022-6-27 13:36 编辑
beijudw 发表于 2022-6-27 11:18
老师,您好,我在观察对应结构的静电势,发现自由能垒低的胺,反而N孤对电子方向的静电势更高了,可是按 ...

这是在你选取的电子密度等值面上的静电势极小值,不一定是整个空间上的极小值。应当考虑静电势的全局极小点,可参考社长的这篇博客。http://sobereva.com/493
beijudw 发表于 Post on 2022-6-23 22:51:16
sobereva 发表于 2022-6-17 16:40
手打100遍Gaussian、Multiwfn记住怎么拼

对不起对不起,问的比较急,打错了,后面会注意的
beijudw 发表于 Post on 2022-6-23 22:50:37
baisl 发表于 2022-6-17 09:35
可以考虑用Distortion-interaction分析方法,把过渡态的自由能分解为不同片段扭曲造成的能量上升以及片段之 ...

好的,谢谢老师

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