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pdb2gmx命令处理p450酶中1JPZ出错

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大头攒毛

发布时间: 2022-6-17 15:35

正文摘要:

p450酶中1JPZ，已去掉其中的H20，HEM和N-palmitoylglycine，在执行pdb2gmx中，出现了原子缺失的问题：问题如下： OPLS-AA/L：Fatal error:Residue 1 named THR of a molecule in the input file was mapped to ...

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大头攒毛 发表于 Post on 2022-6-17 18:59:25

好的，谢谢了

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-6-17 18:41:32

大头攒毛发表于 2022-6-17 16:37
sober老师，我有个疑问，1jpz这个结构是PCSB PDB官网2001年公布的，这么多年过去了，有错误，为什么不及时 ...

PDB数据库里的结构都是通过实验解出来的，由于实验环境的限制（例如X射线晶体衍射要求结晶，冷冻电镜要求冷冻等），观测到的结构很可能是不完整的，PDB文件反映的是实验中观测的结构，所以该缺就缺，不是错误，计算机模拟一般是模拟生理环境下的情况，与实验环境不同，所以应该补上缺失的部分。

sobereva 发表于 Post on 2022-6-17 16:17:22

残基缺重原子，用WHAT IF、pdbfixer等程序补上

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