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用gromacs的-select指令中的-of选项，输出文件的第二列值怎么算出的？

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灵芝5

发布时间: 2022-6-17 16:10

正文摘要:

你好！我跑了一个离子通道蛋白的MD轨迹，盒子中加入钠离子和氯离子，之后用gromacs的-select指令分析离子，指令是 gmx_mpi select -s ../../full.tpr -f ../../full_fit.xtc -of 300-2-NA-of.xvg -b 1000000 -e 200 ...

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灵芝5 发表于 Post on 2023-4-12 20:01:30

请问老师如果计算体系中某一个离子在某一个位置的停留时间，应该用什么指令？

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-6-17 18:52:22

第一列是有可能被选中的原子(Na)的编号，第二列是该原子被选中的帧数占总帧数的比例

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