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执行gmx mdrun -v -deffnm em之后报错

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Reisende

发布时间: 2022-6-22 09:35

正文摘要:

本帖最后由 Reisende 于 2022-6-22 14:43 编辑请教大家，在我执行gmx mdrun -v -deffnm em会报错： Fatal error: Not enough memory. Failed to allocate 18446744071858593243 aligned elements of size 4 f ...

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Reisende 发表于 Post on 2022-6-24 17:30:32

sobereva 发表于 2022-6-22 15:49
模拟崩溃这类问题能说的基本在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里我都说了，没什么能补充的

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-6-22 15:49:18

Reisende 发表于 2022-6-22 14:41
谢谢老师。
那个上次请教您之后我就没管那个warning了，现在是继续往后跑：gmx mdrun -v -deffnm em 就 ...

模拟崩溃这类问题能说的基本在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里我都说了，没什么能补充的

Reisende 发表于 Post on 2022-6-22 14:41:29

sobereva 发表于 2022-6-22 10:30
跟那个warning没直接关系
如果之后动力学能正常跑，而且你确信gro和top文件都合理，就不用想太多

谢谢老师。
那个上次请教您之后我就没管那个warning了，现在是继续往后跑：gmx mdrun -v -deffnm em 就会报错，我想请教一下出现这个错误的原因，以及我该从哪方面下手去解决。
那个 Vir-XX 是我选错了，第二个em的势能变化已修改

sobereva 发表于 Post on 2022-6-22 10:30:03

跟那个warning没直接关系
如果之后动力学能正常跑，而且你确信gro和top文件都合理，就不用想太多

你应当看的是em过程中势能的变化，看Vir-XX没意义

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