牧生 发表于 2022-6-24 14:59
基本合理了，自己再琢磨一下就行了。。如果还不行，尝试把盒子再略加大点。真空层没关系，NPT的时候会自 ...

但是师兄用这个模型跑最小化还是报一样的错误。是因为我这个盒子太小里面分子太多导致的吗？还是说我的mdp文件应该把最大力收敛条件调大那？

牧生 发表于 2022-6-24 14:59
基本合理了，自己再琢磨一下就行了。。如果还不行，尝试把盒子再略加大点。真空层没关系，NPT的时候会自 ...

好的，感谢师兄耐心指点。祝师兄科研顺利，健康平安

吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-24 14:35
我仔细看了师兄推荐的文件，然后修改了我的inp文件但是不知道为什么进行不下去。提示错误如下，麻烦师兄 ...

基本合理了，自己再琢磨一下就行了。。如果还不行，尝试把盒子再略加大点。真空层没关系，NPT的时候会自发调节到合理的位置。

吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-24 12:46
师兄中午好，我使用Packmol尝试建立一个大小为61.887 70.0 19.788的盒子将我的水合物相固定在61.887 23.8 ...

1、我不太明白你把水合物相固定在某个范围是为了什么。
2、我让你看的那个压缩包里面的input.inp，已经非常清晰明了。但我感觉你并没有掌握到packmol的精髓。你现在需要做的是，自己在一张纸上，画一个立方体，把其中一个点定位0,0,0的原点，然后找出顶点的坐标，将这一段放晶体，再把立方体延伸，再找各个顶点的坐标，把延伸这一段放水和其余分子。如果还不明白，那就在纸上把input.inp里面的坐标画成立方体看看。
3、61.887 23.82 19.788这三个坐标没必要那么精确，可以写成62 24 20
4、肉眼来看，这个像是I型水合物，那么水分子形成的笼子的尺寸，足够放入一个甲苯分子吗？？

牧生 发表于 2022-6-24 09:32
发生这种情况，已经就有错误了。

你的操作中，不需要反复用insert-molecules，也不要用solvate去 ...

师兄中午好，我使用Packmol尝试建立一个大小为61.887 70.0 19.788的盒子将我的水合物相固定在61.887 23.82 19.788范围内，但是我发现生成的pdb文件中盒子是只有1.2的。我将我的文件附在下面，希望师兄指点。

牧生 发表于 2022-6-24 09:32
发生这种情况，已经就有错误了。

你的操作中，不需要反复用insert-molecules，也不要用solvate去 ...

好的师兄，我去尝试一下packmol谢谢师兄的指点

吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-24 09:21
师兄，我看明白了。我用packmol试一下，但是我检查了我的top文件中分子顺序和gro文件中是一致的，因为我 ...

1. 用editconf 命令将pdb转化为gro的时候有几个分子丢失
   

复制代码

发生这种情况，已经就有错误了。

你的操作中，不需要反复用insert-molecules，也不要用solvate去添加水，否则会偶尔有几个水强行加到冰晶里面，导致分子间距离太近而爆炸。。只需要一步packmol以后就可以了，而且绝对不会错


好好看那个压缩包里面的步骤

牧生 发表于 2022-6-23 21:43
大概明白你的步骤了。
你是让3*2*2的超胞在下层，上层无规律排列的是你自己加上去的，想模拟在水合物晶 ...

师兄，我看明白了。我用packmol试一下，但是我检查了我的top文件中分子顺序和gro文件中是一致的，因为我用editconf 命令将pdb转化为gro的时候有几个分子丢失了我还特意改过top文件。为什么用gromacs搭建的模型会出现能量最小化提前截止的情况那？

下面是我建模的命令

gmx_mpi_d insert-molecules -ci H-c.pdb -nmol 480 -box 6.1887 5.897 1.9788 -o 480H.pdb
gmx_mpi_d insert-molecules -ci Methylcyclohexane-c.pdb -nmol 8 -f 480H.pdb -o 480H-8M.pdb
gmx_mpi_d insert-molecules -ci H2O-c.pdb -nmol 1060 -f 480H-8M.pdb -o 480H-8M-1060H2O.pdb
gmx_mpi_d editconf -f 480H-8M-1060H2O.pdb -box 6.1887 8.279 1.9788 -center 0 5.3305 0 -o 480H-8M-1060H2O-c.pdb
gmx_mpi_d editconf -f M-H2O-322.pdb -box 6.1887 8.279 1.9788 -center 0 1.191 0 -o M-H2O-322-c.pdb
gmx_mpi_d solvate -cp M-H2O-322-c.pdb -cs 480H-8M-1060H2O-c.pdb -o SH-M-480H-8M-1060H2O-zkc.pdb
这个建模之后显示插入的分子数量是对得上的，但是转成gro之后1060和480都少了，我就改了top文件然后grompp是没问题的，但是mdrun就提示能量最小化提前结束了

吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-23 20:19
师兄我是先建立了下层界面的模型单胞然后扩胞成3*2*2的然后和上面的相应尺寸的游离分子拼成的整个pdb然后 ...

大概明白你的步骤了。
你是让3*2*2的超胞在下层，上层无规律排列的是你自己加上去的，想模拟在水合物晶种条件下，看水合物的生长。
用packmol把晶种和上层放进一个盒子，top的顺序就应该为如下四行（具体顺序应该看你packmol里面加入的顺序）

晶种里面水分子或者客体分子      
晶种里面客体分子或者水分子
（或许要需要多重复几次晶体单胞中分子的顺序和个数）
加入的水分子或者客体分子
加入的客体分子或者水分子

如果还是不明白，就看看这个压缩包里面，topol.top和input.inp里面的对应关系，这里面topol.top的写的看似很杂乱，其实就只是在简单的重复单胞中的水分子和CO2分子出现的顺序和个数。多看几遍，你应该就能明白了
https://doi.org/10.5281/zenodo.6558623

牧生 发表于 2022-6-23 20:10
用vmd打开1.gro，你选择not water的时候，最下面一层晶体的水就没有了，而上面的乱七八糟的地方，就不 ...

师兄我是先建立了下层界面的模型单胞然后扩胞成3*2*2的然后和上面的相应尺寸的游离分子拼成的整个pdb然后转成了gro。师兄的解决办法我没看懂，是说先用下层水合物模型单胞和相应尺寸的游离分子拼成单胞然后再把整个整体扩成3*2*2的吗？

吧唧爱吃糖 发表于 2022-6-23 18:28
啥？师兄我没放top文件啊，师兄是不是回错人了？

  用vmd打开1.gro，你选择not water的时候，最下面一层晶体的水就没有了，而上面的乱七八糟的地方，就不能识别为水。




这个gro看起来可能像是一个胞体扩展为超胞得到的，所以解决办法是重复多次单胞中的分子的顺序和数量（首先自己要确定好单胞中的分子顺序）。

snljty2 发表于 2022-6-23 16:12
如果之前用的单精度浮点数版本，尝试使用双精度浮点数版本(gmx -> gmx_d，需自行编译)

您好，使用的是双精度，我使用的是gmx_mpi_d

牧生 发表于 2022-6-23 16:22
看了一下，你的gro和top中分子出现的顺序是不对应的，所以你选择not water的时候，最下面一层晶体的水就没 ...

啥？师兄我没放top文件啊，师兄是不是回错人了？