本帖最后由 chands 于 2022-8-25 00:34 编辑 halouhapily 发表于 2022-8-23 20:44 genmer很好用，配合预优化省很多力。稀土金属的配位数往往比较高，我不知道要配多少个乙醇分子合适，如果我做你的题目，首先读一堆文章再说  ，再试算几个体系。CP2K不错，不过正如我说，要找合适的泛函和基组，不是所有基组都覆盖稀土金属。 这里有快速入门 使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 http://sobereva.com/587 入门再啃手册（吐槽，CP2K手册写得跟注释行一样，可读性跟ORCA手册不是一个级别） |
halouhapily 发表于 2022-8-23 14:20 可以用xtb。也可以用orca等软件做DFT/xtb ONIOM计算，金属附近用DFT，外面用xtb |
本帖最后由 halouhapily 于 2022-8-23 21:29 编辑 wzkchem5 发表于 2022-6-25 00:34 老师，如果我将金属离子所有的配体都加上之后，在显式溶剂模型下计算和有机配合物反应动力学，在高斯下带不动，老师您能推荐大分子液相反应动力学模拟的软件吗？可以用xtb软件跑反应动力学吗？ |
chands 发表于 2022-8-3 14:27 老师，您说的使用团簇，我想问一下是用sob老师推荐的genmer生成团簇吗？我需要在周围加几个乙醇分子合适呢？ 2、您说使用第一性原理软件是指什么软件呢？我现在使用的高斯，计算很慢， |
halouhapily 发表于 2022-8-2 19:51 王老师放大假去玩啦（画外音：别偷吃我的酸菜和香肠！） 个人观点：不要简化，简化不合理。应当将全部配体加上，配体弹开了可能是配合物结构不合理。如果跑得动，在配合物周围加多几个乙醇分子试试，初始结构可以用团簇模型试试。 但是我觉得这种体系最好用第一性原理软件跑，可以加更多溶剂分子，问题是你的f区元素要找个合适的赝势和赝势基组，我没做过我不知道，等方家指正。 |
本帖最后由 halouhapily 于 2022-8-2 19:53 编辑 wzkchem5 发表于 2022-6-25 00:34 老师，对于稀土离子周围加配体的问题我还想请教一下， 因为反应物是硝酸铕六水合物，我尝试模拟的时候将全部的配体都加上，结果在跑动力学时，两个反应物弹开了，所以我在稀土离子周围只加了一个硝基和一个水分子，这样简化合理吗？还有显式溶剂的问题：我不确定在反应物周围加几个乙醇分子才算合理，也不清楚应该把乙醇分子加到什么位置？ |
halouhapily 发表于 2022-7-5 20:40 1 没零点能的事。零点能来自于量子力学考虑核振动，跟ADMP没关系 2 称不上有多不稳定。小体系结合控温，能量没明显波动才怪 3 点右键，自己找 4 简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3 http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html） |
halouhapily 发表于 2022-6-25 16:15 必须把和Eu配位的溶剂全都直接画出来才行，用隐式溶剂根本没法表现配位溶剂和Eu的显著的配位作用。越是电子结构诡异的情况SCF往往越难收敛。 另外，这体系用wB97XD没什么好处，建议用PBE0-D3(BJ)，参考 使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 http://sobereva.com/581（http://bbs.keinsci.com/thread-21274-1-1.html） |
wzkchem5 发表于 2022-6-25 00:34 老师，我按照您说的加上了溶剂，ADMP模块运行了几步之后报了错误， Error in input density: TNEA=************ NAE= 53 TNEB=************ NBE= 53. 这个错误是什么原因导致的呢？ 我尝试使用SMD和高斯自带的溶剂模型都出现同样的错误。 |
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halouhapily 发表于 2022-6-24 14:45 1. 极其不合理，任何金属离子必须带着所有的配体，不管配体是不是溶剂 2. 应该去查这种体系结构优化用的泛函和基组。结构优化和MD对泛函和基组的要求是相似的，但是和激发态的要求有可能差别很大 3. 参见http://sobereva.com/272和http://sobereva.com/336 4. 由这个离子的价层电子排布，通过Hund规则自己计算自旋多重度 |
wzkchem5 发表于 2022-6-24 20:43 非常感谢老师您的帮助，我回去测试以下，我还有以下几个问题希望老师能不吝赐教： 1、目前我想做的工作是模拟实验反应路径，实验中的反应物为硝酸铕六水合物与香豆素配合物，反应溶剂为纯乙醇溶剂。在计算模拟中我为了简化计算模型将硝酸铕六水合物用三价铕离子代替了，这个简化合理吗？ 2、关于基组和泛函的选择：我在文献中找到的基组和泛函是计算体系激发态（荧光光谱）使用的，这个基组和泛函的组合使用于动力学模拟吗？ 3、如果想要节省机时，您建议我使用哪些基组和泛函呢？ 4、对于自旋多重度的选择我拿捏不准，对于含有三价稀土离子的体系的自旋多重度应该怎么设置呢 |
halouhapily 发表于 2022-6-24 12:47 你研究的是真空里的反应吗？ 如果不是，必须加上溶剂，而且必须用显式/隐式混合溶剂模型。如果该加溶剂的时候不加溶剂，不仅scf难收敛，而且即使收敛了结果也不能用。 此外下次跑的时候输入文件写上#p，打出scf迭代具体过程，这样万一还是不收敛，比较好排查原因。 |
本帖最后由 halouhapily 于 2022-6-24 19:54 编辑 sobereva 发表于 2022-6-23 22:04 老师我还是之前的体系，ADMP模块计算稀土离子碰撞有机分子，但是结果不收敛是什么原因呢，我尝试将弥散基组去掉也不行，加上FullSCF关键词也不能解决 SCF Done: E(RwB97XD) = -719.342687741 A.U. after 129 cycles NFock=128 Conv=0.22D-06 -V/T= 2.0372 Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /usr/local/G16-A03/g16/l502.exe at Fri Jun 24 19:41:20 2022. Job cpu time: 0 days 0 hours 15 minutes 46.0 seconds. Elapsed time: 0 days 0 hours 4 minutes 19.6 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 29 Int= 0 D2E= 0 Chk= 2 Scr= 1 |
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sobereva 发表于 2022-6-23 22:04 可以了可以了，谢谢老师， 是我的问题，我还以为第二个空行是解释说明呢。 万分感谢老师 |
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