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求助绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图的时候，两分子相交了，该怎么解决

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XUETU

发布时间: 2022-6-23 18:47

正文摘要:

在用Multiwfn和VMD绘制静电势着色的分子间范德华表面穿透图时，一个分子跑到了另一个分子里面，并且CO2位置每次都不一样。这两个分别一个是合成产物，一个是CO2。在计算单体的单点时候加上了nosymm，还是不行，还 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-6-25 16:31:53

XUETU 发表于 2022-6-23 20:41
老师您好，是不是说我在构象/构型搜索之前的坐标复制时出错了，在Ctrl+C,Ctrl+V后，重新进行构象/构型搜 ...

你的问题和构象/构型搜索没直接联系

如果你是要对构型搜索出的最稳定的二聚体构型绘制这种图，显然复制单体坐标是构型搜索之后的事。

XUETU 发表于 Post on 2022-6-23 20:41:51

sobereva 发表于 2022-6-23 19:19
明显是算单体单点的gjf文件里的坐标就已经是相交的。
按2L说的，gview里直接Ctrl+C，Ctrl+V将二聚体里单体 ...

老师您好，是不是说我在构象/构型搜索之前的坐标复制时出错了，在Ctrl+C,Ctrl+V后，重新进行构象/构型搜索？

XUETU 发表于 Post on 2022-6-23 20:38:32

xinyanli 发表于 2022-6-23 18:56
“在产生输入文件过程中一定要记住，只需要对复合物进行优化，而单体的坐标必须直接从优化后的复合物的坐标 ...

您好，是不是说，我在构象/构型搜索之前的那个坐标替换时，就已经不对了？因为我只在构象/构型搜索之前有复制坐标

sobereva 发表于 Post on 2022-6-23 19:19:36

明显是算单体单点的gjf文件里的坐标就已经是相交的。
按2L说的，gview里直接Ctrl+C，Ctrl+V将二聚体里单体复制出来，就不会改变坐标

xinyanli 发表于 Post on 2022-6-23 18:56:47

“在产生输入文件过程中一定要记住，只需要对复合物进行优化，而单体的坐标必须直接从优化后的复合物的坐标里直接抠出来（比如可以用gview打开优化后的输出文件，把其中某个单体复制到一个新窗口里，保存成gjf文件），之后对各个单体做单点计算任务得到含有波函数信息的文件即可。”博文443里说了。
所以，可能是你抠单体的时候挪动了分子。你可以用GaussView直接Ctrl+C，Ctrl+V试试。

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