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求助QM-Cluster簇模型的残基选择问题

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溪临昭煌

发布时间: 2022-6-24 10:02

正文摘要:

本帖最后由溪临昭煌于 2022-6-24 10:23 编辑各位老师好，我希望使用簇模型来解释我的酶的反应路径和反应机理，因此挖出了底物和5A以内的氨基酸，按照一篇已报道的使用QM/MM方法的文献中报道的机理进行复现，但 ...

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溪临昭煌 发表于 Post on 2024-2-25 23:27:40

科研好难发表于 2023-3-15 18:54
楼主您好，我是一个刚接触计算化学的小白，我想请教一下您的簇模型是用什么软件或者程序构建的？谢谢。@溪 ...

我用的是Gaussview6构建的

科研好难 发表于 Post on 2023-3-15 18:54:36

楼主您好，我是一个刚接触计算化学的小白，我想请教一下您的簇模型是用什么软件或者程序构建的？谢谢。@溪临昭煌

溪临昭煌 发表于 Post on 2022-6-29 19:08:08

sobereva 发表于 2022-6-25 03:20
1 残基截取不合理，很可能无法跑出来真实的机理。但如果你用文献里相同的模型重复不出来文献的结果，则是另 ...

明白了，谢谢sob老师

溪临昭煌 发表于 Post on 2022-6-29 19:07:37

本帖最后由溪临昭煌于 2022-6-29 20:36 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-24 17:49
贴一下文献的QM/MM结构里面靠近QM区的MM原子的图，以及20年前那篇簇模型文章的簇模型和你的簇模型的不同 ...

谢谢老师，那篇QM/MM文章中没有显示这种原子的图，所以抱歉贴不了了。20年前的模型和我解决的不是一个问题，我想表达的困惑是为什么100原子以内的模型也可以解决实际问题，他们是怎么确定选的模型能解决问题并且选择的模型合适呢，就是论文的工作者怎么确定100以内的原子可以满足研究他想研究的这个问题，已经怎么判断这些原子选的刚好合适（感觉总原子数越少容错率越低）

sobereva 发表于 Post on 2022-6-25 03:20:53

1 残基截取不合理，很可能无法跑出来真实的机理。但如果你用文献里相同的模型重复不出来文献的结果，则是另一码事，要么自己的计算有问题，要么文献有问题

2 凭化学常识、理论计算经验就能判断。缺乏相关知识就看近10年的发在像样期刊上的簇模型研究这类问题的文章。例如下文里提到的JACS的综述，以及作者发的一系列相关论文
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-24 17:49:12

溪临昭煌发表于 2022-6-24 09:32
谢谢老师回复，不好意思没有说清楚。是我摆了和TS2接近的初猜，使用optTS的时候无法优化出来，因为TS2也 ...

贴一下文献的QM/MM结构里面靠近QM区的MM原子的图，以及20年前那篇簇模型文章的簇模型和你的簇模型的不同之处

溪临昭煌 发表于 Post on 2022-6-24 16:32:43

wzkchem5 发表于 2022-6-24 15:50
无法找到TS2是因为第二步变成了无垒反应，还是只是单纯没有找到TS2？
可能TS2仍然是存在的，只不过文献找 ...

谢谢老师回复，不好意思没有说清楚。是我摆了和TS2接近的初猜，使用optTS的时候无法优化出来，因为TS2也是质子转移过程，但是我的模型中底物和氨基酸的距离太远（>4A），按照文献报道两个的氨基酸距离应该很近（<3A），我直接把氢原子放在中间进行优化会被中间的一个谷氨酸拉走

wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-24 15:50:01

无法找到TS2是因为第二步变成了无垒反应，还是只是单纯没有找到TS2？
可能TS2仍然是存在的，只不过文献找过渡态摆的初猜比较好，或者找的时候用的技巧和你不一样

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