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给pdb中每个蛋白加上chainID 后，就无法加载轨迹文件了。请问为什么？

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bingzan

发布时间: 2022-6-25 09:33

正文摘要:

您好，我有个pdb文件（out.pdb）,里面有36个蛋白。对应的轨迹文件是out.trj。在VMD中，out.trj可以正常加载到out.pdb文件上。为了 ...

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bingzan 发表于 Post on 2022-6-26 10:33:14

谢谢老师的指导！！ vmd载入new-out.pdb时，确实原子数和out.pdb载入时显示的不一样。但是两个pdb文件的行数确实是一样的，请问这是什么道理？
由于pdb中ATOM序号只有5位数字，而我的原子很多，所以会出现11000、111000、211000号原子都显示11000的情况，所以在representation设置时，不能用原子序号选择chain。请问您说的“载入轨迹后用vmd命令行设置chainID”要怎么操作？我没有查到不用原子序号选择的方法。

sobereva 发表于 Post on 2022-6-25 23:46:45

看载入pdb时VMD文本窗口显示的原子数是多少
实在没辙就载入轨迹后用VMD的命令行来设置Chain ID，或者设置representation时用原子序号选择不同的chain

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