用cp2k优化晶体结构出现结构扭曲坍塌变形

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发布时间: 2022-6-26 10:51

本帖最后由 XYHhhh 于 2022-6-26 10:51 编辑老师好，我从Materials Project晶体库下载的.cif文件转成.pdb文件，用Multivfn生成cp2k输入文件进行晶胞优化出错，截出最后一步结构发现结构出现明显坍塌，请问是需要 ...

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XYHhhh 发表于 Post on 2022-6-27 10:10:26

Eudaimonia 发表于 2022-6-26 21:49
你先把团簇和晶体的概念整明白了再说

谢谢老师

XYHhhh 发表于 Post on 2022-6-27 10:09:58

sobereva 发表于 2022-6-26 18:15
说清楚到底是想优化团簇还是优化晶体

你若以晶体为初始结构不考虑周期性当成孤立团簇来优化，坍塌是极 ...

好的，谢谢老师

Eudaimonia 发表于 Post on 2022-6-26 21:49:48

XYHhhh 发表于 2022-6-26 14:55
转成.pdb就没有周期性，是想构建团簇

你先把团簇和晶体的概念整明白了再说

sobereva 发表于 Post on 2022-6-26 18:15:11

XYHhhh 发表于 2022-6-26 14:55
转成.pdb就没有周期性，是想构建团簇

说清楚到底是想优化团簇还是优化晶体

你若以晶体为初始结构不考虑周期性当成孤立团簇来优化，坍塌是极为正常的

XYHhhh 发表于 Post on 2022-6-26 14:55:49

Eudaimonia 发表于 2022-6-26 11:15
为啥要转成pdb文件，多此一举，并且晶格参数全丢了，优化出来不出问题才见鬼了
直接把cif丢进去生成inp再 ...

转成.pdb就没有周期性，是想构建团簇

Eudaimonia 发表于 Post on 2022-6-26 11:15:00

为啥要转成pdb文件，多此一举，并且晶格参数全丢了，优化出来不出问题才见鬼了
直接把cif丢进去生成inp再优化再看看

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