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利用CaGe构建giant Fullerenes出现的问题

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发布时间: 2022-6-26 22:00

正文摘要:

各位老师好,目前我想构建C540的分子结构(类似于gjf的文件类型,需要坐标),在文献中看到了CaGe程序可以有效构建giant Fullerene,sob老师也在他的一篇文章中提到CaGe程序构建。于是想着试试看,结果在安装的时候 ...

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weishch6 发表于 Post on 2022-7-1 11:42:36
granvia 发表于 2022-6-30 11:11
我只知道Manolopolos和Fowler提出的螺旋算法,但只是用来命名富勒烯的,不是用来构造的
Leapfrog是个很 ...

好的,我可以试试看,谢谢您的建议
granvia 发表于 Post on 2022-6-30 11:11:59
weishch6 发表于 2022-6-28 19:30
您好,我想问问您,是通过是通过类似sob老师的螺旋算法来得到吗??

我只知道Manolopolos和Fowler提出的螺旋算法,但只是用来命名富勒烯的,不是用来构造的
Leapfrog是个很巧妙的算法,用来基于小富勒烯来构造大型富勒烯,而且能保持对称性,比如可以由Ih对称性的C20构造出Ih对称的C60,再由此以此构造出C180,C540等等

不知道有没有现成程序,否则需自己写个小程序实现一下
weishch6 发表于 Post on 2022-6-28 19:30:05
granvia 发表于 2022-6-28 17:31
巨型富勒烯可采用leapfrog算法由相应对称性的小富勒烯生成出来
您好,我想问问您,是通过是通过类似sob老师的螺旋算法来得到吗??
granvia 发表于 Post on 2022-6-28 17:31:00
巨型富勒烯可采用leapfrog算法由相应对称性的小富勒烯生成出来
weishch6 发表于 Post on 2022-6-28 08:53:41
sobereva 发表于 2022-6-27 21:07
Nanotube modeler自己的富勒烯库里的

噢噢好的,谢谢老师。我发现cage最大原子数仅有250,不太行,我在想想办法。可能要用fullerene更高级的构建软件。谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2022-6-27 21:07:44
weishch6 发表于 2022-6-27 17:39
sob老师您好,我想请问您这个是怎么得到的呢??也是用CaGe程序得到的吗?

Nanotube modeler自己的富勒烯库里的
weishch6 发表于 Post on 2022-6-27 17:39:31
sobereva 发表于 2022-6-27 05:17
直接给你个现成的

sob老师您好,我想请问您这个是怎么得到的呢??也是用CaGe程序得到的吗?
weishch6 发表于 Post on 2022-6-27 10:55:58
乐平 发表于 2022-6-27 10:31
建议你看官方网站上的安装注意事项之系统需求
https://www.math.uni-bielefeld.de/~CaGe/

好的,我这就去看看,谢谢老师
乐平 发表于 Post on 2022-6-27 10:31:50
weishch6 发表于 2022-6-27 03:47
还是安装的问题,麻烦老师您了

建议你看官方网站上的安装注意事项之系统需求
https://www.math.uni-bielefeld.de/~CaGe/
  1. Download CaGe
  2. System requirements:
  3. a regular (ANSI) C compiler (the GNU compiler for example) with a POSIX-compatible C library and a 'make' command,
  4. an 'unzip' command,
  5. a Bourne-style shell (bash for example)
  6. with very few commands (expr, mkdir, chmod, find), and
  7. a Java installation of Java 7 JDK or Java 8 JDK
  8. (with Java Native Interface [JNI] files -- which means that a Runtime Environment [JRE] won't be enough, you need the full Software Development Kit [SDK].
  9. Note that CaGe for now will not work with Java versions of 9 or above.
复制代码



Sob 老师的帖子(http://sobereva.com/104)是 2011年写的,相对古老了,那时候还没 Java 7 或者 8。

weishch6 发表于 Post on 2022-6-27 09:47:00
还是安装的问题,麻烦老师您了
weishch6 发表于 Post on 2022-6-27 09:46:09
哈哈哈谢谢老师!不过我有个想法就是fullerene堆叠,就是C60-C240-C540……一直到C6000,构成一个giant fullerene,还是想请教您这个cage软件应该怎么用
sobereva 发表于 Post on 2022-6-27 05:17:18
Fullerene_C540.pdb (50.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

直接给你个现成的

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