sobereva 发表于 2022-6-27 21:59
1 可以
但最好把水层z方向厚度再加大至少一倍。当前偏小，运动特征的差异展现不充分

谢谢老师解答，明白了。

1 可以
但最好把水层z方向厚度再加大至少一倍。当前偏小，运动特征的差异展现不充分

2 考虑是不是类似于http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里提到的下面的问题

比如曾经我用某个程序产生带磺酸基的分子的拓扑文件，看似拓扑文件没任何毛病，但跑起来就是会崩。后来一帧帧地观看模拟开始后的结构变化，发现是磺酸基上的氢在一瞬间跑到距离氧很近的地方去了。分析发现是由于这个基团上的氢带的电荷很正，氧的电荷很负，它们彼此间有1-4静电作用项因此有很强的静电吸引，再加上氢的质量很小、很容易运动，导致了上述看到的问题。像这种情况，可以把1-4作用项去了（从[ pairs ]中删除对应的），也可以把氢改成质量更大的重氢（在[ atoms ]里改原子质量）减缓其运动，或者用很小的模拟步长

3 时间跑长了都一样

Frozen-Penguin 发表于 2022-6-27 21:32
分子1中，羧基是会电离的，氢原子会带比较多的正电荷，而附近的氧原子带较多的负电荷，而且键角和二面角的 ...

谢谢解答。请问有什么设置的方法，可以合理地避免这种碰撞吗？我现在就是崩溃后续算，崩溃了再续算，这样子

分子1中，羧基是会电离的，氢原子会带比较多的正电荷，而附近的氧原子带较多的负电荷，而且键角和二面角的参数有利于这两个原子靠近，一旦这两个原子撞在一起体系就会崩溃。