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cp2k跑分子动力学,跑了几十步后自己停了。显示内存溢出。

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发布时间: 2022-6-27 11:34

正文摘要:

cp2k跑分子动力学,跑了几十步后自己停了。显示内存溢出。跟客服联系,减少了核数,还是不行。请问这种问题怎么解决呢? 报错信息:

回复 Reply

kirSTY 发表于 Post on 2024-9-3 20:01:47
楼主开了96个进程,单线程,相当于纯.popt版,进程之间不共享内存,内存占用自然会越来越大,等96进程彻底启动起来了肯定爆内存的。
如果超算可以多线程并行,修改export OMP_NUM_THREADS,结合低一点的np参数+psmp跑;或者在输入文件中限制内存占用量:“&XC/&HF/&MEMORY MAX_MEMORY”限制每个MPI进程的最大最内存用量。
chemistryMaga 发表于 Post on 2024-7-23 10:12:05
exsolution 发表于 2023-10-30 17:07
请问博主解决了吗,再跑2023.2的时候也遇到了同样的问题,内存不断增大,最挤满

请问楼主问题解决了吗?
chemistryMaga 发表于 Post on 2024-7-23 10:10:35
遇到了相同的问题,怀疑是不是因为slurm的问题?
exsolution 发表于 Post on 2023-10-30 17:07:18
请问博主解决了吗,再跑2023.2的时候也遇到了同样的问题,内存不断增大,最挤满C:\Users\11207\Desktop\微信图片_20231030170640.png
KiritsuguPapa 发表于 Post on 2023-6-5 15:55:20
Weldingspock 发表于 2023-4-27 16:41
您好,我也遇到了这个问题。我之前是用gcc编译, open mpi运行的。请问如果要用intel mpi的话是不是必须 ...

刚看到。应该也不是必须用intel编译器。
但是用最新的cp2k-2022 toolchain编译好像没这个问题了
Weldingspock 发表于 Post on 2023-4-27 16:41:33
KiritsuguPapa 发表于 2022-7-2 15:58
重新编译一下cp2k  用intel编译器和intel mpi试试。之前有因为openmpi或者ELPA这两个因素导致内存溢出的案 ...

您好,我也遇到了这个问题。我之前是用gcc编译, open mpi运行的。请问如果要用intel mpi的话是不是必须要用intel编译器编译才可以呢
sunhao 发表于 Post on 2022-7-2 16:20:09
KiritsuguPapa 发表于 2022-7-2 15:58
重新编译一下cp2k  用intel编译器和intel mpi试试。之前有因为openmpi或者ELPA这两个因素导致内存溢出的案 ...

好的,谢谢。我再试试。
KiritsuguPapa 发表于 Post on 2022-7-2 15:58:10
重新编译一下cp2k  用intel编译器和intel mpi试试。之前有因为openmpi或者ELPA这两个因素导致内存溢出的案例
KiritsuguPapa 发表于 Post on 2022-6-30 16:30:54
sunhao 发表于 2022-6-29 09:39
让工程师重新编译了一下,还是出现同样的报错。是我的体系太大了吗,大概500个原子。还是我的.inp里的参 ...

跑的过程中监控一下内存用量free -h 看看内存是不是跑着跑着逐渐变少   是的话就是内存溢出bug
sunhao 发表于 Post on 2022-6-28 11:13:29
KiritsuguPapa 发表于 2022-6-27 11:55
cp2k内存溢出是老问题了 换编译器/MPI 重新编译

好的,非常感谢。重新编译一下试试
abin 发表于 Post on 2022-6-27 20:23:56
图片显示的信息是,
你实际内存使用量超过了你在调度器申请的额度。

所以是out of memory kill.

如果已经申请了物理内存总量的90%,
还是遭遇这个问题。那就是编译器不当以及版本问题,或者bug.

你可以使用我调教的版本。
用的人说,解决了内存溢出问题。

签名连接中有你要的软件链接。

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