sobereva 发表于 2022-7-2 07:42
1 是
什么格式能给Multiwfn提供盒子信息此文说了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件

1. 谢谢老师解答。

2. 的确，我之前用的是分数坐标，我自己却以为是笛卡尔坐标，造成了疑惑。用笛卡尔坐标重新尝试了几组结果如下：

1. 输入：0.5,0.5,0.5，     输出：sphere {    18.924    18.924  0.144}  radius   6.222
   
2. 输入：0.5,0.5,0.1，     输出：sphere {    0.000    0.000   0.008 }  radius   6.220
   
3. 输入：0.1,0.1,0.1，     输出：sphere {    0.000    0.000   0.038 }  radius   6.221
   
4. 输入：-0.1,-0.1,-0.1， 输出：sphere {    18.924    18.924   17.918 }  radius   6.221
   
5. 输入：-0.5,-0.5,-0.5， 输出：sphere {    0.000    0.000   17.812 }  radius   6.222

复制代码

可以看到，输入孔洞中心位置的少量偏移/差异，会影响最终孔洞中心的位置，但是孔洞半径误差都不会超过0.002 埃。

Yaqi 发表于 2022-6-30 10:13
感谢分享，用文中最后的方法展现了多个孔洞的位置和大小，非常直观。

有个疑问：

1 是
什么格式能给Multiwfn提供盒子信息此文说了
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

2 我不知道你输入的是分数坐标还是笛卡尔坐标。如果(0.5,0.5,0.5)是分数坐标，这本身就等于使用晶胞中心作为球心初始位置。如果是(0.5,0.5,0.5)埃的笛卡尔坐标，我没重复出你的结果，我收敛到的是18.923810   18.923810    0.144808 埃

jsj2020 发表于 2022-6-30 09:09
前言最后一段 “读者务必使用2022-Jul-25及以后更新的Multiwfn程序”，应该是Jun-25吧

是，笔误，已改

感谢分享，用文中最后的方法展现了多个孔洞的位置和大小，非常直观。

有个疑问：
1. 最后一例中，MIL125体系，计算球心位于（0,0,0）的孔洞大小时，选择了允许球心位置做调整，最终的孔洞中心还是位于（0,0,0），从图中显示，孔洞的左下侧并没有原子限制，为什么中心位置不会一直朝着无限远处偏离？是因为输入cif文件，会自动采用周期性边界条件吗？

2. 将球心位置设置为偏离（0,0,0）一点的（0.5, 0.5, 0.5）会找到球心位于（9.462, 9.462, 8.978）的孔洞，（-0.5, -0.5, -0.5）会找到球心位于（-9.462, -9.462, -8.978）的孔洞，请问为什么没有就近找到（0,0,0）的孔洞位置。

谢谢老师。

前言最后一段 “读者务必使用2022-Jul-25及以后更新的Multiwfn程序”，应该是Jun-25吧