求助可以形成稳定晶体结构的构象或构型选择

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发布时间: 2022-6-30 11:31

老师们好，我投稿了一篇关于研究两个物质分子间相互作用研究的文章，选取了能量最低的3个二聚体构型运用IGMH,AIM,ESP,SAPT进行了分析。由于文章的背景描述的是共晶，审稿人提出了以下问题： 1) Concerning the bind ...

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Mentary 发表于 Post on 2022-7-3 09:53:07

wei 发表于 2022-7-1 12:29
二聚体甚至多聚体的结构和晶体结构相差很大的情况，非常常见。你讨论时，只能说二聚体保留了晶体中分子之间 ...

感谢您的建议

wei 发表于 Post on 2022-7-1 12:29:45

二聚体甚至多聚体的结构和晶体结构相差很大的情况，非常常见。你讨论时，只能说二聚体保留了晶体中分子之间的作用特征，仅此而已。要想做晶体结构搜索，要用USPEX，calypso之类软件，即便如此，它们也处理不好分子的柔性。

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
Mentary	+ 5	谢谢

Mentary 发表于 Post on 2022-6-30 22:44:37

sobereva 发表于 2022-6-30 20:50
文中讨论的时候不要把话说得太绝对，好像晶体里就一定会出现当前二聚体的结合模式。用二聚体模型得到的相互 ...

谢谢社长，对于审稿人的第二个问题，我再多加点构型进行分析，但是在回复意见里我又该如何解释我接下来选择的构型的原因呢，可以通过计算玻尔兹曼分布来说明该构型的比例大而选取的吗？

Mentary 发表于 Post on 2022-6-30 22:31:02

wzkchem5 发表于 2022-6-30 16:32
那就搜索更多个分子组成的团簇，如果结论和搜索二聚体相同，就说明二聚体搜索得到的结果是可以代表晶体里 ...

老师，谢谢您的建议。

sobereva 发表于 Post on 2022-6-30 20:50:53

文中讨论的时候不要把话说得太绝对，好像晶体里就一定会出现当前二聚体的结合模式。用二聚体模型得到的相互作用特征，可以说成是可能的、潜在的在共晶当中会出现的作用模式。

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
Mentary	+ 5	谢谢

wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-30 16:32:43

Mentary 发表于 2022-6-30 07:45
您好，我用molclus进行构型搜索了，这两种物质二聚体的构型随机产生了30个，进行结构优化后，取能量最低 ...

那就搜索更多个分子组成的团簇，如果结论和搜索二聚体相同，就说明二聚体搜索得到的结果是可以代表晶体里的情况的

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
Mentary	+ 5	谢谢

Mentary 发表于 Post on 2022-6-30 14:45:26

本帖最后由 Mentary 于 2022-6-30 14:54 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-30 14:32
审稿人说的是对的。用molclus做构型搜索，重算

您好，我用molclus进行构型搜索了，这两种物质二聚体的构型随机产生了30个，进行结构优化后，取能量最低的三个进行分析。审稿人的质疑在于在晶体堆积时并不会倾向于能量最低的构型，有可能是高能构型。您有什么建议吗，谢谢

wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-30 14:32:40

审稿人说的是对的。用molclus做构型搜索，重算

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