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已解决：Gromacs2020.6编译过程出错

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含光君

发布时间: 2022-7-5 19:42

正文摘要:

本帖最后由含光君于 2022-7-6 12:33 编辑各位老师好！我在尝试编译GPU加速版本的Gromacs2020.6时参考了sob老师博文http://sobereva.com/457，在最后一步make install -j 遇到了如下报错：此机器系统 ...

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yixiansheng 发表于 Post on 2023-12-2 17:28:48

你好，我编译CPU版本也出现这个问题。是在我编译GPU版本失败之后出现的，并且我也DGMX_GPU=OFF了。失败的原因和你一样，但是我改成ON之后还是不行。请问你怎么解决的

含光君 发表于 Post on 2022-7-6 12:32:14

sobereva 发表于 2022-7-6 02:22
我不知道你怎么编译的
严格按照我的博文编译，根本就不牵扯MKL

卢老师说的没错，在cmake一步添加

-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

命令时，误将-DGMX_GPU=ON输入为-DGMX_GPU=CUDA（博文中指出后者适用于GROMACS >= 2021版本）

而此前错误步骤在cmake时未察觉到明显报错，所以在make install阶段报错让我判断错了问题的原因。

最后非常sorry是我自己没看清楚博文内容按照指示出现了错误占用了大家时间，尤其是上期参加gmx培训班时候sob老师也讲过严格按照博文指示不会有问题，之后一定会注意。

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含光君 发表于 Post on 2022-7-6 12:01:16

sobereva 发表于 2022-7-6 02:22
我不知道你怎么编译的
严格按照我的博文编译，根本就不牵扯MKL

谢谢卢老师的回复！我再仔细跟着博文编译一遍看看有没有哪里操作有误~

sobereva 发表于 Post on 2022-7-6 02:22:33

我不知道你怎么编译的
严格按照我的博文编译，根本就不牵扯MKL

含光君 发表于 Post on 2022-7-5 23:20:32

Entropy.S.I 发表于 2022-7-5 20:36
别用CentOS了，尤其是8，早已停止支持。可以用Rocky Linux或Ubuntu，自带的环境更阳间

GMX 2020的最新子 ...

好的谢谢！我来尝试一下~

Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-7-5 20:36:59

别用CentOS了，尤其是8，早已停止支持。可以用Rocky Linux或Ubuntu，自带的环境更阳间

GMX 2020的最新子版本是2020.7

编译过程也可参考我去年写的在Ubuntu 20.04.2 LTS上安装CUDA Toolkit、GROMACS

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