求助gromacs跑模型，加的离子聚集在一堆的问题

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发布时间: 2022-7-6 16:23

最近跑分子在不同离子溶液中运动，不知道为什么2M NaCl溶液中，跑了200ns跑成了聚集状态？求助该怎么解决？

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Hanna110 发表于 Post on 2025-10-15 15:01:56

Free-standing 发表于 2024-4-2 22:42
您好，后面解决了嘛，我换成KAFF之后似乎还是不行

你好，你解决了吗？我用的KBFF电解质盐也团聚了，1M

Free-standing 发表于 Post on 2024-4-2 22:42:41

您好，后面解决了嘛，我换成KAFF之后似乎还是不行

yuyao_yang 发表于 Post on 2023-3-20 12:50:14

没有

qiezi666 发表于 Post on 2023-3-17 10:21:34

您好！请问您用KBFF力场时有没有关于spce.itp的错误提示？

yuyao_yang 发表于 Post on 2022-7-7 09:30:14

好的，我去试试，谢谢。

sobereva 发表于 Post on 2022-7-7 04:13:43

AMBER的离子参数不合理所致
可以用KBFF（https://kbff.chem.k-state.edu/）
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/10.3866/PKU.WHXB201506191这篇文章里涉及到高浓度情况的模拟，当年就发现了AMBER力场的这个问题，所以我刻意改用了KBFF

Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-7-6 19:43:52

显然是结晶了。你用了什么力场？AMBER系的离子参数就会这样，建议改用Merz团队开发的离子参数

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