用gaussian重复文献时，中间体优化后分解成两个分子的问题

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发布时间: 2022-7-6 17:17

问题是：用文献中的方法进行中间体结构优化后，最终得到的是两个分子，求大神解答一下。优化前：输入文件： %chk=IM4y+f.chk # opt freq b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity IM4 0 1 C &nb ...

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liuxianbo 发表于 Post on 2022-7-8 14:52:11

wzkchem5 发表于 2022-7-7 17:38
做构象搜索，或者发邮件问作者要完整的结构坐标

好的，谢谢老师

liuxianbo 发表于 Post on 2022-7-8 14:51:28

fatpig 发表于 2022-7-7 17:20
很明显，你是想优化IM4，但优化出了IM5+ROH，这两个能量这么接近，很正常吧。

是的，就是想看怎样才能优化出IM4

wzkchem5 发表于 Post on 2022-7-7 17:38:24

liuxianbo 发表于 2022-7-7 09:55
R基和文献一样使用的正丙基，那老师，取向不一致的话应该怎么改呢

做构象搜索，或者发邮件问作者要完整的结构坐标

fatpig 发表于 Post on 2022-7-7 17:20:19

很明显，你是想优化IM4，但优化出了IM5+ROH，这两个能量这么接近，很正常吧。

liuxianbo 发表于 Post on 2022-7-7 16:55:50

wzkchem5 发表于 2022-7-7 14:44
那不排除比如说是R基团的构象或者取向不一致

R基和文献一样使用的正丙基，那老师，取向不一致的话应该怎么改呢

wzkchem5 发表于 Post on 2022-7-7 14:44:29

liuxianbo 发表于 2022-7-7 02:34
初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂 ...

那不排除比如说是R基团的构象或者取向不一致

liuxianbo 发表于 Post on 2022-7-7 09:34:15

wzkchem5 发表于 2022-7-6 20:36
中间体的初始坐标也是和文献一致的吗？另外文献有没有加溶剂？

初始坐标应该不一样，没看到初始坐标的相关信息，我是照着文献里优化出的结构构建的，这个中间体没考虑溶剂。附图是文献中的结构

wzkchem5 发表于 Post on 2022-7-6 20:36:55

liuxianbo 发表于 2022-7-6 12:51
谢谢老师，文献里优化的分子里有这个中间体

中间体的初始坐标也是和文献一致的吗？另外文献有没有加溶剂？

liuxianbo 发表于 Post on 2022-7-6 19:51:44

wzkchem5 发表于 2022-7-6 17:36
文献优化的是这个分子吗？如果不是，那这个优化结果未必是错的，因为Al本来就不是特别倾向于5配位，配体位 ...

谢谢老师，文献里优化的分子里有这个中间体

wzkchem5 发表于 Post on 2022-7-6 17:36:47

文献优化的是这个分子吗？如果不是，那这个优化结果未必是错的，因为Al本来就不是特别倾向于5配位，配体位阻稍微大一点导致Al变成4配位是很可能的。
此外B3LYP应该加色散校正

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