欲用GMX做共价MD，但一直报错Fatal error: in .rtp file in residue atoms at line

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发布时间: 2022-7-7 08:57

请教下各位老师，共价对接（反应位点cys）后的文件保存为UNK.pdb文件，想用gmx做共价MD，首先截取蛋白cys前后的两个氨基酸即Asp-Cys-Ile，resp后获取残基的拓扑文件，将拓扑文件整理为rtp文件([atoms] ...

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邓仰福 发表于 Post on 2022-7-7 10:06:25

Acee 发表于 2022-7-7 09:26
了解一下，rtp的基本写法再做，原子类型在第二列，原子名称在第一列，其次是电荷，最后是序号。

Fatal error:
in .rtp file in residue atoms at line:
C1 CT -0.2432047909 1

您好，该顺序后还是一样的报错

Acee 发表于 Post on 2022-7-7 09:26:08

了解一下，rtp的基本写法再做，原子类型在第二列，原子名称在第一列，其次是电荷，最后是序号。

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