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离子溶液使用pdb2gmx命令报错该怎么处理

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cjg

发布时间: 2022-7-7 17:54

正文摘要:

使用的是oplsaa力场，报错后看手册说是要添加新的残基类型（MOL），具体过程不知道如何进行

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cjg 发表于 Post on 2022-7-8 11:38:20

牧生发表于 2022-7-7 20:25
几乎可以解决一切问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

谢谢谢谢

cjg 发表于 Post on 2022-7-8 11:37:46

sobereva 发表于 2022-7-8 04:15
必须搞清楚pdb2gmx的原理再去用，很多人居然以为pdb2gmx是个万能的黑箱，属于没有pdb2gmx的最基本常识
只 ...

万分感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-7-8 04:15:33

必须搞清楚pdb2gmx的原理再去用，很多人居然以为pdb2gmx是个万能的黑箱，属于没有pdb2gmx的最基本常识
只有当输入的结构文件里的所有残基在rtp文件里都定义了，才能用pdb2gmx产生拓扑文件
GROMACS里自带的力场自带的rtp里基本只有标准氨基酸和核苷酸的残基，以及极个别小分子（如水分子）、离子的定义

小分子拓扑文件怎么产生看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）
若无特殊情况都建议用sobtop

对抗路达摩 发表于 Post on 2022-7-7 23:59:12

不要瞎用pdb2gmx，基本只有天然氨基酸能保证可以用pdb2gmx，其他都很有可能不行

牧生 发表于 Post on 2022-7-7 20:25:05

本帖最后由牧生于 2022-7-7 20:30 编辑

几乎可以解决一切问题
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

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