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vmd电荷和Quicksurf出来的结果该怎样理解

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发布时间: 2016-4-19 16:11

正文摘要:

导入PDB同时导入psf文件。 voloring method 选择Charge, Drawing method 选择Quicksurf, VMD出来的color bar的单位为电荷e。 看了Sob 的“使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布” http://sobere ...

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lgk890124 发表于 Post on 2016-4-19 17:03:38
sobereva 发表于 2016-4-19 16:51
你的理解不对。我博文里那个就叫静电势,严格无误。

分子体系静电势的公式见这些文章http://bbs.keinsci ...

谢谢,我好好看看您给的链接
sobereva 发表于 Post on 2016-4-19 16:51:06
你的理解不对。我博文里那个就叫静电势,严格无误。

分子体系静电势的公式见这些文章http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219

静电势计算方法很多。量子化学上严格计算那个静电势的公式是通过核吸引势积分来计算,Multiwfn里面也是这么算的。有些量化程序计算静电势的时候为了降低耗时,才通过PB形式近似求解距离核较远的区域静电势。而那些分子力学程序,由于本身没有电子密度的概念,而且往往还需要考虑溶剂环境,才把原子电荷近似展开成基于格点的密度分布来做PB迭代计算得到气相或溶剂下的静电势。

你现在作的图没有明确物理意义,不是表面静电势图。quicksurf是用来显示分子表面的,charge方式着色只不过是按照原子电荷数值来对表面进行着色。

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