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求助：使用gmx rms命令计算蛋白的RMSD，显示magic number error in XTC file

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hddonghao

发布时间: 2022-7-13 09:46

正文摘要:

各位老师大家好，我使用GMX跑完蛋白的分子动力学后，使用gmx_mpi rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd_protein.xvg命令，两次组都选择Protein，出现如图所示的错误。为什么数量会出现错误呢？计算时程序可以正常跑。 ...

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若以cherish 发表于 Post on 2023-12-18 17:23:14

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-13 19:19
magic number错误，magic number是xtc文件中每一帧开头的数字，正常情况下这个数字是1995，如果不是，说明 ...

前辈您好这个从正常部分开始续跑的命令是哪个哇我在手册上没有找到呢麻烦有空帮忙指导下呀感谢感谢

hddonghao 发表于 Post on 2022-7-16 14:02:20

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-13 19:19
magic number错误，magic number是xtc文件中每一帧开头的数字，正常情况下这个数字是1995，如果不是，说明 ...

好的，我试一下。本人小白一个，感谢指导，感恩感恩

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-7-13 19:19:01

magic number错误，magic number是xtc文件中每一帧开头的数字，正常情况下这个数字是1995，如果不是，说明文件存在异常，可能是部分缺失了。
xtc的格式：https://manual.gromacs.org/archive/5.0.4/online/xtc.html
根据图中的内容，4000帧之前是可以正常读取的，所以在命令中加上-e 40000.0，这样就不会碰上有问题的部分，如果需要分析完整的轨迹，一般只能考虑从正常的部分开始续跑，不明原因损坏的文件很难修复。

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