wzkchem5 发表于 2022-11-30 20:16 谢谢老师的指点，学习到了很多 |
halouhapily 发表于 2022-11-30 13:00 优化溶液里的结构，核磁用什么溶剂测的，就用什么溶剂，但氘代溶剂在计算时可以替换成对应的氢代溶剂。如果实验已知这个分子在溶液里有聚集现象，那就在溶液里优化聚集体的结构。一般来说，除非是电子结构很特殊的体系，否则溶液结构和晶体结构的差别还是比DFT方法的误差要大的。 此外必须做构象搜索，因为溶液里的优势构象很可能和晶体里不一样，而且优势构象未必只有一个，可能无论哪个构象单独都和实验核磁对不上，必须做Boltzmann平均才能对上 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 5 | 谢谢 |
wzkchem5 发表于 2022-7-16 00:10 感谢老师指点，我还有一个问题想要请教老师， 我的目的是：模拟样品的NMR谱图。 前提是：我已经得到样品的单晶结构了。 问题：我现在不太明了的是我在模拟样品的NMR数据时，应该采用限制性优化晶体一个重复性单元的结构呢（固定重原子），还是放开限制来优化气体中的结构？ 因为我想在测试核磁时，需要用有机溶剂把想要测量的粉体溶解掉（我用的氘代DMSO来溶解稀土配合物），溶解之后结构是不是就变了，不再是晶体的二级结构了？ |
halouhapily 发表于 2022-7-15 14:38 那个意思是：前人已经用加过TMS的DMSO-d6测过了，当把TMS定为0ppm时，DMSO-d6的溶剂峰在比如说2.5ppm（我随便说的）。因此实验测试老师不加TMS，但把DMSO-d6的溶剂峰直接定为2.5ppm，于是即使不加TMS也起到了和加TMS几乎一样的效果。之所以说几乎一样，是因为DMSO-d6溶了样品以后DMSO-d6的溶剂峰会有移动，但一般移动很小，例如在0.02ppm以内，所以大家也就不太care了。 |
wzkchem5 发表于 2022-7-15 15:25 明白了老师，是不是说如果我想根据标准的NMR计算方法就需要计算在有机溶剂的TMS的屏蔽值，但是为什么实验测试老师说如果我用DMSO没有加TMS，就是用的溶剂本身的内标呢？是不是还是说明有差别呢？ 我刚开始接触NMR，还请老师多多指点， |
halouhapily 发表于 2022-7-13 10:02 实验1H NMR化学位移的定义就是你的物质的屏蔽值和TMS的屏蔽值之差乘以10^6 ppm，这个定义不以你实验是否加了TMS为转移。所以即便你实验没加TMS，也要算TMS。另外根据理论级别必须统一的要求，TMS必须和你计算你的物质的理论级别一致。 |
halouhapily 发表于 2022-7-13 17:02 怎么可能没有DMSO的标度 Table #5 - Dimethylsulfoxide: 1H and 13C scaling factors for 10 gas and solvent phase DFT methods in G09 |
hebrewsnabla 发表于 2022-7-13 17:55 好的老师，我认真学习一下 |
sobereva 发表于 2022-7-14 06:42 谢谢sob老师的指点，感谢 |
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B3LYP/6-311+G(2d,p)没有任何使用意义 不要乱用“修正”这个词，和参考物质的值求差那叫获得化学位移。搞清楚化学位移的标准计算方式是什么 另外，gview显示的NMR氢谱用的展宽函数明显不合理，建议用Multiwfn，仔细看 使用Multiwfn绘制NMR谱 http://sobereva.com/565（http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html） |
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本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-7-13 17:56 编辑 你用revTPSS也要减去参比物的shift。这些在博文里面说得都很清楚 他们是用的最普通的NMR计算方式，即优化极小点，算各项同性磁屏蔽值，将TMS与当前体系的值相减折算成化学位移然后和实验对照。 鉴于用B3LYP/6-31G*在真空下优化，然后用revTPSS/pcSseg-1在IEFPCM描述的氯仿算氢和碳的NMR非常有价值，笔者已经将Gaussian 16下这个情况的参考物质TMS的碳和氢的磁屏蔽值纳入到《使用Multiwfn绘制NMR谱》（http://sobereva.com/565）介绍的Multiwfn的功能里了（从2021-Oct-23更新的版本开始）， |
halouhapily 发表于 2022-7-13 17:02 用同样的方法计算TMS的NMR，用输出文件中对应的TMS中H的各向同性的磁屏蔽张量减去你目标化合物的H的各向同性磁屏蔽张量再看数据差多少。同时你可以试试B97-2泛函结合pcSseg系列，或者在ORCA中用DSD-PBEP86双杂化泛函结合pcSseg系列基组计算TMS和你目标化合物的NMR。 |
hebrewsnabla 发表于 2022-7-13 16:22 哦哦哦，是的是的，谢谢您，是我的问题 |
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